II. Öffentlich-rechtliche Abteilung, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten 2C.526/2019
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Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
2C_526/2019
2C_531/2019
Arrêt du 12 novembre 2019
IIe Cour de droit public
Composition
MM. et Mme les Juges fédéraux Seiler, Président,
Donzallaz et Hänni.
Greffier: M. Tissot-Daguette.
Participants à la procédure
2C_526/2019
Administration cantonale des impôts du canton de Vaud,
recourante,
contre
A.________ Sàrl,
représentée par Me Jean-Michel Clerc et Me Laurent Kern, avocats,
intimée,
et
2C_531/2019
A.________ Sàrl,
représentée par Me Jean-Michel Clerc et Me Laurent Kern, avocats,
recourante,
contre
Administration cantonale des impôts du canton de Vaud.
Objet
Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct des périodes fiscales 2004
à 2011,
recours contre l'arrêt de la Cour de droit administratif et public du Tribunal
cantonal du canton de Vaud du 10 mai 2019 (FI.2018.0157).
Faits :
A.
La société A.________ Sàrl a son siège dans le canton de Vaud où elle est
inscrite au registre du commerce. Son capital social de 20'000 fr. a été
augmenté à 100'000 fr. en 2011. Elle a pour but le commerce de ferraille, la
récupération des vieux métaux et la vente de matériel d'occasion. B.________ en
est l'associé gérant et possède l'entier du capital social de la société.
B. Par décisions des 15 août 2005, 23 février 2006, 8 mars 2007, 27 mars 2008
et 15 avril 2009, la société A.________ Sàrl a été taxée pour l'impôt fédéral
direct (ci-après: IFD) et les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) des
périodes fiscales 2003, 2004, 2005, 2006, respectivement 2007.
C. Le 19 septembre 2012, l'Administration cantonale des impôts du canton de
Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a ouvert à l'encontre de la société
A.________ Sàrl une procédure de rappel et soustraction d'impôt relative aux
périodes fiscales 2003 à 2011 en raison de ventes qui n'auraient pas été
comptabilisées dans le chiffre d'affaires de la société. En outre, le 2
décembre 2013, l'Administration cantonale a ouvert à l'encontre de B.________
une procédure de rappel et soustraction d'impôt portant sur les périodes
fiscales 2003 à 2007 en raison de soupçons de prestations appréciables en
argent obtenues de la société intéressée. Une procédure séparée, relative aux
périodes fiscales 2008 à 2011, a été ouverte pour les mêmes raisons à
l'encontre de l'administrateur et sa femme, en raison du mariage du couple,
intervenu en 2008. Ces deux procédures ouvertes à l'encontre de l'associé
gérant ont fait l'objet de recours jusque devant le Tribunal fédéral (causes
2C_532/2019 et 2C_533/2019).
D. Dans le cadre de la procédure ouverte à l'encontre de la société A.________
Sàrl, l'Administration cantonale a demandé à cette société de produire diverses
pièces, qui lui sont parvenues après plusieurs rappels et sommations.
E.
Par décision de rappel d'impôt (périodes fiscales 2003 à 2007), de taxation
définitive (périodes fiscales 2008 à 2011) et de prononcé d'amendes rendue le 8
décembre 2016, l'Administration cantonale a fixé le montant du complément
d'impôt (IFD et ICC) à 121'937 fr. 15 et des amendes (IFD et ICC) à 110'800 fr.
pour toutes les périodes en cause. La société A.________ Sàrl a formé
réclamation à l'encontre de cette décision le 23 décembre 2016. Après avoir
procédé à des mesures d'instruction complémentaires, l'Administration
cantonale, par décision du 26 juin 2018, a partiellement admis la réclamation
de la société contribuable, abandonnant les reprises relatives à la période
fiscale 2003 en raison de la péremption du droit de taxer, ainsi que quelques
reprises pour les périodes 2004 à 2008, à défaut de pouvoir être justifiées par
pièces. Elle a également annulé les amendes prononcées pour les périodes
fiscales 2003 à 2005 en raison de la prescription de l'action pénale et adapté
les amendes pour les périodes 2006 à 2011 en raison de l'abandon de certaines
reprises. Le 26 juillet 2018, la société A.________ Sàrl a contesté cette
décision sur réclamation auprès de la Cour de droit administratif et public du
Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Celui-ci,
par arrêt du 10 mai 2019, a partiellement admis le recours, constatant la
prescription de l'action pénale de l'infraction de tentative de soustraction
d'impôt relative aux périodes fiscales 2008 et 2009.
F.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public (cause 2C_531/2019),
la société A.________ Sàrl demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite
de frais et dépens, de modifier l'arrêt du Tribunal cantonal du 10 mai 2019 en
annulant les reprises et amendes liées au bénéfice prétendument soustrait;
subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité
précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
G. Agissant également par la voie du recours en matière de droit public (cause
2C_526/2019), l'Administration cantonale demande pour sa part au Tribunal
fédéral, sous suite de frais, de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal du 10
mai 2019 en renonçant à annuler les amendes prononcées pour tentative de
soustraction d'impôt des périodes fiscales 2008 et 2009 et de confirmer l'arrêt
précité pour le surplus.
H. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer sur les recours.
L'Administration cantonale conclut au rejet du recours de la société A.________
Sàrl. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux considérations
et conclusions de l'Administration cantonale.
Considérant en droit :
1.
Les deux recours déposés devant le Tribunal fédéral sont dirigés contre le même
arrêt cantonal. Ils concernent des faits de même nature et portent sur des
questions juridiques connexes. Il se justifie par conséquent de joindre les
causes et de les traiter en un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2.
Les recours concernent une décision rendue dans une cause de droit public (cf.
art. 82 let. a LTF), par une autorité judiciaire cantonale supérieure de
dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des
exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée. Il en découle que la voie
du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. aussi art.
146 LIFD [RS 642.11] et 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur
l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS
642.14]). Pour le surplus, le recours de l'Administration cantonale a été
déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42
LTF), étant précisé que cette autorité a qualité pour recourir en application
du droit fédéral (cf. art. 146 LIFD, 73 al. 2 LHID et 89 al. 2 let. d LTF). Il
est donc recevable. Quant à la société contribuable, elle a participé à la
procédure devant l'autorité précédente, est particulièrement atteinte par la
décision entreprise et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à
sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF).
Son recours a en outre également été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF)
et dans les formes requises (art. 42 LTF), si bien qu'il est recevable.
3.
La société recourante se plaint exclusivement d'établissement inexact des
faits.
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par
l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à
l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut
critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si
celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou
de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction
du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF;
ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le
recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions
seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des
critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation
des preuves (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait
nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal
fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
3.2. Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est
manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe
juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la
justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse
concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore
faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi
dans son résultat (ATF 144 I 170 consid. 7.3 p. 174 s. et les références).
Lorsque la partie recourante s'en prend à l'appréciation des preuves et à
l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a
manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a
omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à
modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments
recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (ATF 142 II 355 consid.
6 p. 358).
3.3. Le Tribunal cantonal a procédé à une appréciation des faits et moyens de
preuve globale pour arriver à la conclusion que les reprises effectuées par
l'Administration cantonale pour les périodes 2004 à 2011 étaient fondées. Il a
ainsi constaté que, sur la base d'attestations remises par une société
(ci-après: la société acheteuse) ayant acheté des produits à la société
recourante, les ventes effectuées n'avaient pas été intégralement
comptabilisées dans le chiffre d'affaires de celle-ci, une différence de
441'527 fr. ayant été constatée pour les années 2004 à 2009. Devant le Tribunal
cantonal, la recourante a nié avoir procédé aux ventes litigieuses.
3.4. Pour arriver à la conclusion que la société recourante avait bel et bien
perçu de l'argent sur des livraisons, l'autorité précédente a pris en compte le
fait que la signature de son administrateur figurait sur des notes de crédit
libellées au nom de la société. Certes, devant l'autorité précédente, la
contribuable a contesté l'authenticité des signatures de son administrateur sur
ces documents, relevant que ces signatures ne ressemblaient pas à l'originale
et ajoutant qu'un employé de la société acheteuse avait été licencié en raison
de soupçons de malversation. Le Tribunal cantonal a constaté que les signatures
étaient différentes, mais a jugé qu'aucune plainte pénale n'avait été déposée
par la société recourante pour faux dans les titres et qu'il était peu probable
qu'une personne ayant pour dessein de falsifier la signature de
l'administrateur de la société procède d'une manière aussi grossière. A ces
éléments, il a encore ajouté le fait que, pour certaines des transactions
contestées, il était mentionné que la livraison avait été effectuée avec le
camion de la contribuable, prenant en exemple un cas concret de livraison.
L'autorité précédente a ajouté que l'un des employés de la recourante, un
certain "C.________" a également signé divers ordres de transport. Outre que la
société recourante employait une personne nommée C.________, le Tribunal
cantonal a jugé que celle-ci n'avait apporté aucune explication convaincante en
relation avec cet élément, si ce n'est qu'elle s'était contentée de relever que
cette personne ne travaillait pas pour elle durant les années sous revue, mais
uniquement depuis 2011. Le Tribunal cantonal a également examiné la fortune de
l'administrateur de la contribuable et constaté que les éléments de revenu et
de fortune déclarés par celui-ci étaient clairement insuffisants, voire
négatifs pour couvrir ses dépenses mensuelles. La société et son administrateur
ont été interpellés à plusieurs reprises à ce propos et l'administrateur a
finalement affirmé avoir vendu des pièces de monnaie de collection et des
voitures, sans toutefois fournir de justificatifs, ce qui a conduit l'autorité
précédente a retenir que l'existence de ces biens n'était pas démontrée.
Finalement, le Tribunal cantonal a encore relevé que la contribuable avait déjà
fait l'objet d'un contrôle fiscal, qui s'était soldé par une proposition de
règlement avec l'Administration cantonale en raison de l'absence de déclaration
de chiffre d'affaires réalisé avec la même société acheteuse.
3.5. Appréciant tous ces éléments, le Tribunal cantonal a admis l'existence de
distributions dissimulées de bénéfice de la société recourante en faveur de son
administrateur.
3.6. En l'occurrence, la société recourante conteste l'établissement des faits
sous quatre points différents.
3.7. En premier lieu, elle mentionne que les responsables de la société
acheteuse ont reconnu qu'ils avaient eu des soupçons de malversation à
l'encontre de l'un de leurs employés, celui-ci ayant par la suite été licencié.
Selon la contribuable, cet élément corrobore ses déclarations tendant à
démontrer qu'elle a été victime d'une tromperie. Elle estime ensuite que c'est
de manière contradictoire que l'autorité précédente a retenu qu'il était
possible que la signature de son administrateur ait été imitée et, plus loin
dans son arrêt, qu'il était néanmoins peu probable qu'une personne désirant
falsifier une signature procède d'une manière aussi grossière. La société
recourante se plaint également de ce que le Tribunal cantonal se soit fondé sur
deux états de fait précis pour arriver à la conclusion qu'elle n'a pas déclaré
le chiffre d'affaires lié à des transactions qu'elle aurait passées avec la
société acheteuse. Elle est d'avis qu'aucun document au dossier ne permet de
prouver que son administrateur a personnellement procédé à la livraison du 2
décembre 2005 et déplore que la personne nommée "C.________", qui a signé
plusieurs ordres de transport, n'ait pas été entendue par l'autorité
précédente. Finalement, la société recourante estime qu'il est arbitraire de se
servir de son précédent contrôle fiscal comme preuve de sa culpabilité. Pour
elle, une telle manière de faire ne tient pas compte du principe de la
présomption d'innocence.
3.8. En l'espèce, la recourante critique divers éléments de l'appréciation
effectuée par l'autorité précédente, sans toutefois contester cette
appréciation dans son ensemble et dire en quoi les éléments qu'elle avance
auraient une incidence sur l'appréciation globale. On peut donc déjà douter que
sa motivation remplisse les conditions de l'art. 106 al. 2 LTF. Quand bien même
il faudrait examiner le grief, force serait de toute façon de l'écarter. En
effet, on doit relever que la recourante ne conteste en rien les constatations
de l'autorité précédente en lien avec l'évolution de la fortune de son
administrateur. Or, il s'agit-là d'un élément déterminant. Il faut rappeler à
ce propos que dans ses déclarations pour les années 2005 à 2007, celui-ci a
annoncé un revenu mensuel de 5'000 fr., sur lequel il ne prélevait que 1'500
fr., le solde étant comptabilisé en remboursement de son compte courant et, en
2006 et 2007, en augmentation de son épargne privée. Ce seul élément, en
l'absence d'explications convaincantes, suffit déjà à lui seul, dans les
circonstances du cas d'espèce, pour retenir sans arbitraire que
l'administrateur de la société recourante a vécu grâce aux prestations
appréciables en argent obtenues de celle-ci. La recourante reconnaît d'ailleurs
elle-même implicitement que l'appréciation des faits effectuée par le Tribunal
cantonal n'est pas arbitraire, puisqu'elle affirme que ses propres conclusions
"ne sont pas moins plausibles" que celles de cette autorité. Les autres
éléments qu'elle avance (cf. consid. 3.3 ci-dessus) ne permettent pas d'arriver
à une autre conclusion.
3.9. Dans ces conditions, il convient d'écarter le grief d'établissement
inexact des faits. Le Tribunal fédéral vérifiera donc la correcte application
du droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente. En
outre, il ne saurait être question de violation du principe de la présomption
d'innocence car celui-ci, en l'occurrence, se confond avec celui d'appréciation
arbitraire des preuves (ATF 127 I 38 consid. 2a p. 41; arrêt 2C_806/2017 du 19
octobre 2017 consid. 4.1).
4.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le
Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable
(cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2 p. 171) tant pour l'IFD que l'ICC, lorsque
celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4 p.
172; arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8; 2C_12/2017 du 23 mars 2018
consid. 4.3, non publié in ATF 144 IV 136). Par ailleurs, l'autorité recourante
se prévalant d'une mauvaise application, par le Tribunal cantonal, des règles
relatives à la prescription de la poursuite pénale des périodes fiscales 2008
et 2009, le Tribunal fédéral examinera également cette question.
4.1. S'agissant tout d'abord de la prescription de la procédure de rappel
d'impôt, l'art. 152 al. 1 LIFD prévoit que le droit d'introduire une procédure
de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour
laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou
pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de
procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période
fiscale à laquelle il se rapporte (art. 152 al. 3 LIFD; cf. ATF 140 I 68
consid. 6.1 p. 73). Les art. 208 al. 1 et 3 de la loi vaudoise du 4 juillet
2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11) et 53 al. 2 et 3 LHID
posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée
conjointement pour l'IFD et l'ICC.
4.2. En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris qu'un avis
d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt a été notifié à la recourante en
septembre 2012 pour l'IFD et l'ICC 2003 à 2007. Le délai de péremption de dix
ans des art. 152 al. 1 LIFD, 208 al. 1 LI/VD et 53 al. 2 LHID a ainsi été
respecté. S'agissant du délai de péremption relatif au droit de procéder au
rappel d'impôt pour l'année fiscale 2003 (art. 152 al. 3 LIFD, 208 al. 3 LI/VD
et 53 al. 3 LHID), celui-ci est survenu à la fin de la période fiscale 2018, si
bien que c'est à juste titre que l'Administration cantonale a abandonné les
reprises pour cette période. Pour le droit de procéder au rappel d'impôt des
années 2004 à 2007, celui-ci n'est ni prescrit, ni périmé.
4.3. Quant au droit de taxer les années fiscales 2008 à 2011, l'art. 120 al. 1
phr. 1 LIFD, respectivement les art. 170 al. 1 phr. 1 LI/VD et 47 al. 1 LHID,
disposent que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à
compter de la fin de la période fiscale. Selon les art. 120 al. 3 let. a et d
LIFD et 170 al. 3 let. a et d LI/VD, un nouveau délai de prescription commence
à courir (a) lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire
valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne
solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt, ainsi que (d)
lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt
consommée ou de délit fiscal. Le Tribunal fédéral a jugé que la question de
savoir si l'art. 120 al. 3 let. d LIFD s'appliquait également au cas de
tentative de soustraction pouvait être laissée ouverte lorsque le contribuable
a été informé de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction
d'impôt. Cette information constitue en effet une mesure par laquelle
l'autorité fiscale signale au contribuable sa volonté de procéder par la suite
à sa taxation et relève ainsi de toute façon d'un cas d'application de l'art.
120 al. 3 let. a LIFD, respectivement de l'art. 170 al. 3 let. a LI/VD (arrêt
2C_874/2018 du 17 avril 2019 consid. 5.2 et les références).
4.4. En l'occurrence, en informant la recourante de l'ouverture d'une procédure
pour tentative de soustraction d'impôt pour les années 2008 à 2011 le 19
septembre 2012, l'Administration cantonale a fait courir un nouveau délai de
prescription, raison pour laquelle aucune de ces quatre périodes n'est
prescrite à ce jour.
4.5. Avant le 1 ^er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction
consommée se prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin
de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou
l'avait été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (ancien art.
184 al. 1 let. b LIFD [RO 1991 1184 p. 1242 s.] cum art. 333 al. 6 let. b CP,
en relation avec l'ATF 134 IV 328). Pour sa part, la poursuite de la tentative
de soustraction se prescrivait par six ans à compter de la clôture définitive
de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction avait été
commise (ancien art. 184 al. 1 let. a et al. 2 LIFD [RO 1991 1184 p. 1242 s.]).
Depuis le 1 ^er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de
soustraction d'impôt consommée, au plus tôt, par dix ans à compter de la fin de
la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été
de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD). S'agissant de la
tentative de soustraction, la poursuite pénale se prescrit toujours par six ans
à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la
tentative de soustraction a été commise (art. 184 al. 1 let. a LIFD). Selon
l'art. 184 al. 2 LIFD actuellement en vigueur, la prescription ne court plus si
une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182 al. 1
LIFD) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 58 al. 1, al. 2 let. a
et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1 ^er janvier 2017, a un contenu identique
à celui de l'art. 184 LIFD; il est directement applicable si les cantons n'ont
pas adapté leur législation au 1 ^er janvier 2017 (art. 72s LHID; cf. art. 254
LI/VD). En vertu des art. 205f LIFD et 78f LHID, le nouveau droit est
applicable au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales
précédant le 1 ^er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur
au cours de ces périodes fiscales (cf. arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018
consid. 8.2; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in ATF 144 IV
136).
4.5.1. En l'occurrence, en application du nouveau droit, la poursuite pénale de
la soustraction d'impôt consommée reprochée à la recourante au cours des
périodes fiscales 2006 et 2007 ne s'est pas prescrite, dès lors que
l'Administration cantonale a rendu une décision le 8 décembre 2016 pour les
années 2003 à 2011, soit avant le délai de dix ans après la fin des périodes
fiscales en cause (les amendes pour les années 2003 à 2005 ayant été annulées
par l'Administration cantonale en raison de la prescription de l'action
pénale). En application de l'ancien droit, la poursuite pénale des périodes
fiscales 2006 et 2007 ne s'est pas non plus prescrite, dès lors que le 19
septembre 2012, l'Administration fiscale a informé la contribuable de
l'ouverture de la procédure (cf. ancien art. 184 al. 2 LIFD).
4.5.2. Finalement, l'autorité recourante critique l'arrêt du Tribunal cantonal
en tant qu'il constate la prescription de l'infraction de tentative de
soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2008 et 2009.
4.5.3. Etant donné qu'en l'espèce les autorités cantonales ont statué
simultanément sur la taxation des périodes précitées et sur les amendes pour
tentative de soustraction d'impôt relatives à ces mêmes périodes, le délai de
prescription n'a pas encore commencé à courir. Cela ne sera en effet le cas
qu'à partir du moment où le Tribunal fédéral aura statué sur ladite procédure,
c'est-à-dire avec le présent arrêt (arrêt 2C_724/2010 du 27 juillet 2011
consid. 6.4 et les références). Par conséquent, il convient d'admettre le
recours de l'autorité recourante en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct
et les impôts cantonal et communal des périodes fiscales 2008 et 2009. La suite
à donner à cette admission sera examinée ci-après (cf. consid. 6.2), lorsque
l'issue du recours de la contribuable aura été déterminée, c'est-à-dire
lorsqu'il aura été statué sur les amendes des années 2006 à 2011.
5.
5.1. S'agissant du rappel d'impôt et de la distribution dissimulée de bénéfice,
le Tribunal cantonal a correctement rappelé le droit fédéral et cantonal
harmonisé applicable (art. 58 al. 1 let. b et 151 al. 1 LIFD, 53 al. 1 LHID, 94
al. 1 let. b et 207 al. 1 LI/VD), ainsi que la jurisprudence y relative (parmi
d'autres ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 p. 364 s. et les références; 138 II 545
consid. 3.2 p. 549). Il peut donc y être renvoyé.
5.2. Dans la mesure où il ressort des faits retenus sans arbitraire par le
Tribunal cantonal que la recourante, durant les années 2004 à 2011, a procédé à
des distributions dissimulées en faveur de son administrateur, dans le but de
diminuer son bénéfice imposable, sans les avoir déclarées à l'Administration
cantonale, qui a donc taxé la contribuable sur une base incomplète, le rappel
d'impôt doit être confirmé. Il convient également de confirmer les taxations
des années 2008 à 2011, les distributions effectuées durant ces années devant
être ajoutées au bénéfice imposable. La recourante ne conteste au demeurant pas
l'application du droit faite par l'autorité précédente à ce propos.
6.
6.1. A teneur de l'art. 181 al. 1 LIFD, respectivement 57 al. 1 LHID et 248 al.
1 LI/VD lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une
soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit
d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. La soustraction d'impôt
est quant à elle prévue à l'art. 175 LIFD (cf. également art. 56 al. 1 LHID et
242 LI/VD). Selon cette disposition, est notamment puni d'une amende le
contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une
taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation
entrée en force soit incomplète (al. 1); en règle générale, l'amende est fixée
au montant de l'impôt soustrait; si la faute est légère, l'amende peut être
réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus
être triplée (al. 2). Pour qu'il y ait soustraction au sens de cette
disposition, il faut donc qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en
violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce
dernier.
6.2. En l'absence de contestation topique de la part de la recourante, le
Tribunal cantonal n'a pas traité des amendes prononcées pour soustraction
d'impôt, se limitant à constater à tort que celles pour les années 2008 et 2009
étaient prescrites (cf. consid. 4.4 ci-dessus) et à confirmer celles prononcées
par l'Administration cantonale pour les années 2006, 2007 (amendes pour
soustractions consommées), 2010 et 2011 (amendes pour tentative de
soustraction). Si l'on peut regretter cette façon de procéder, s'agissant de
droit fédéral, respectivement de droit cantonal harmonisé devant être appliqué
d'office, on peut malgré tout confirmer les amendes prononcées par
l'Administration cantonale pour les années 2006 à 2011, la recourante ne les
ayant pas non plus contestées devant le Tribunal fédéral et reconnaissant, dans
ses conclusions devant le Tribunal cantonal, qu'une amende devait être
prononcée à son encontre pour les reprises qui n'ont pas été contestées. On
doit retenir que les éléments objectif et subjectif fondant la condamnation
sont réunis. La recourante n'a pas déclaré une partie de ses bénéfices et ses
taxations pour les années 2006 et 2007, entrées en force étaient incomplètes,
respectivement ses déclarations pour les années 2008 à 2011 ont été déposées en
ne mentionnant pas une partie du bénéfice. En outre, compte tenu des éléments
de fait qui ont été présentés ci-dessus (cf. consid. 3), il ne saurait être
retenu autre chose qu'un comportement intentionnel de la part de la recourante.
Par conséquent, l'arrêt entrepris doit être confirmé en tant qu'il concerne les
amendes des années 2006, 2007, 2010 et 2011 et annulé en tant qu'il concerne
celles des années 2008 et 2009, la décision de l'Administration cantonale du 26
juin 2018 devant être confirmée en tant qu'elle traite des amendes de ces deux
dernières années.
7.
Sur le vu des considérants qui précèdent, le recours de la contribuable doit
être rejeté aussi bien en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct que les
impôts cantonal et communal. Le recours de l'Administration cantonale doit pour
sa part être admis pour les deux catégories d'impôt. L'arrêt du Tribunal
cantonal est annulé en tant qu'il concerne les amendes pour tentative de
soustraction d'impôt des périodes fiscales 2008 et 2009 prononcées à l'encontre
de la contribuable recourante et la décision de l'Administration cantonale du
26 juin 2018 doit être confirmée à ce propos. L'arrêt entrepris est confirmé
pour le surplus.
8.
Succombant, la contribuable recourante doit supporter les frais judiciaires
(art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Compte tenu de la répartition des frais et dépens pour la procédure qui s'est
déroulée devant le Tribunal cantonal (en l'occurrence la contribuable a
supporté l'entier des frais et n'a pas obtenu de dépens), il ne se justifie pas
de renvoyer la cause à celui-ci pour qu'il procède à une nouvelle répartition
(cf. art. 67 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_526/2019 et 2C_531/2019 sont jointes.
2.
Le recours de la société contribuable (cause 2C_531/2019) est rejeté en tant
qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours de la société contribuable (cause 2C_531/2019) est rejeté en tant
qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
4.
Le recours de l'Administration cantonale (cause 2C_526/2019) est admis en tant
qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt du Tribunal cantonal est annulé
dans la mesure où il a trait aux amendes pour tentative de soustraction d'impôt
prononcées à l'encontre de la contribuable pour les années 2008 et 2009 et la
décision de l'Administration cantonale du 26 juin 2018 est confirmée à ce
propos. L'arrêt entrepris est confirmé pour le surplus.
5.
Le recours de l'Administration cantonale (cause 2C_526/2019) est admis en tant
qu'il concerne les impôts cantonal et communal. L'arrêt du Tribunal cantonal
est annulé dans la mesure où il a trait aux amendes pour tentative de
soustraction d'impôt prononcées à l'encontre de la contribuable pour les années
2008 et 2009 et la décision de l'Administration cantonale du 26 juin 2018 est
confirmée à ce propos. L'arrêt entrepris est confirmé pour le surplus.
6.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la
contribuable recourante.
7.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la société recourante, à
l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et
public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration
fédérale des contributions.
Lausanne, le 12 novembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette