II. Öffentlich-rechtliche Abteilung, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten 2C.351/2019
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Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
2C_351/2019
Arrêt du 26 septembre 2019
IIe Cour de droit public
Composition
MM. les Juges fédéraux Seiler, Président,
Zünd et Donzallaz.
Greffier: M. Tissot-Daguette.
Participants à la procédure
A.A.________,
représentée par Me Alan Hughes, avocat,
recourante,
contre
Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève.
Objet
Impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct de la période fiscale 2007;
restitution d'impôt perçu en trop,
recours contre l'arrêt de la Chambre administrative de la Cour de justice de la
République et canton de Genève du 5 mars 2019 (ATA/226/2019).
Faits :
A.
A.A.________ et B.A.________ se sont mariés en 1988 et se sont installés à
Genève en 1997. Ils ont divorcé en 2015, après avoir vécu séparés depuis 2008.
Le 10 décembre 2008, les époux A.________ ont adressé leur déclaration d'impôt
pour la période fiscale 2007 à l'Administration fiscale cantonale de la
République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale). Cette
déclaration d'impôt était signée par les deux conjoints. Le 10 juillet 2013,
l'Administration fiscale a taxé les époux pour l'impôt fédéral direct
(ci-après: IFD) et les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) de la
période fiscale 2007. Il ressortait de cette décision que des montants d'impôt
avaient été perçus en trop et devaient être remboursés. Le 17 juillet 2013,
l'Administration fiscale a remboursé 3'008'695 fr. d'ICC 2007 et 1'228'701 fr.
60 d'IFD 2007 à B.A.________.
Sur demande du 22 août 2013 de A.A.________, l'Administration fiscale lui a
adressé une copie de la taxation 2007. Après plusieurs échanges d'écritures,
A.A.________ a requis de l'Administration fiscale qu'elle rende une décision
formelle relative à la restitution en sa faveur de la moitié des montants d'ICC
et d'IFD 2007 perçus en trop.
B.
Par décision du 17 juillet 2017, l'Administration fiscale a déclaré la
réclamation de A.A.________ irrecevable, car tardive. Celle-ci a contesté ce
prononcé le 18 août 2017 auprès du Tribunal administratif de première instance
de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de
première instance) qui, par jugement du 5 mars 2018, a rejeté le recours. Il a
considéré que l'Administration fiscale aurait dû entrer en matière sur la
demande de A.A.________, car il ne s'agissait pas d'une réclamation élevée à
l'encontre de la décision de taxation. Toutefois, statuant sur le fond de la
cause par économie de procédure, le Tribunal administratif de première instance
a rejeté la demande de restitution de l'intéressée. Celle-ci a recouru contre
ce jugement le 6 avril 2018 auprès de la Chambre administrative de la Cour de
justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice).
Par arrêt du 5 mars 2019, la Cour de justice a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A.________
demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens,
d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 5 mars 2019 et de lui rembourser un
montant total de 2'118'698 fr. 60 correspondant à 1'504'347 fr. 80 d'ICC et à
614'350 fr. 80 d'IFD; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer
la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des
considérants.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son
arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions
concluent toutes deux au rejet du recours.
Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué constitue une décision finale (art. 90 LTF) rendue dans une
cause de droit public par une autorité judiciaire supérieure de dernière
instance cantonale (art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) qui ne
tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF. La voie du
recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Le recours a
par ailleurs été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les
formes prescrites par la loi (art. 42 LTF), par la destinataire de l'arrêt
attaqué, qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc
d'entrer en matière.
2.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par
l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à
l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut
critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si
celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou
de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction
du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF;
ATF 142 II 355 consid. 6 p. 358). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le
recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions
seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des
critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation
des preuves (ATF 141 IV 369 consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait
nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal
fédéral (art. 99 al. 1 LTF).
3.
3.1. La Cour de justice a retenu que la recourante et son ancien époux se sont
séparés de fait au mois de février 2008. Il ressort de leur déclaration d'impôt
pour la période fiscale 2007, ainsi que de leur taxation en matière d'IFD et
d'ICC pour cette année, que seuls les revenus et la fortune de l'ancien époux
de la recourante ont été imposés, celle-ci ne percevant en particulier aucun
revenu. L'autorité précédente a également constaté qu'aucune convention de
répartition des montants d'impôt provisoire versés en trop n'avait été conclue
entre les époux avant le versement, par l'Administration fiscale, des excédents
d'acomptes le 17 juillet 2013.
3.2. Le litige porte sur le point de savoir si la recourante peut prétendre au
remboursement, par l'Administration fiscale, de la moitié des acomptes d'IFD et
d'ICC versés en trop, en 2007, par le couple qu'elle formait avec son ancien
époux, c'est-à-dire un montant total de 2'118'698 fr. 60 (1'504'347 fr. 80
d'ICC et 614'350 fr. 80 d'IFD), acomptes d'ores et déjà remboursés par
l'Administration fiscale à celui-ci.
I. Impôt fédéral direct
4.
4.1. A teneur de l'art. 9 al. 1 LIFD (RS 642.11), les revenus des époux qui
vivent en ménage commun sont additionnés, quel que soit le régime matrimonial.
Dans un tel cas de figure, les époux exercent les droits et s'acquittent des
obligations qu'ils ont en vertu de la LIFD de manière conjointe (art. 113 al. 1
LIFD). Tant qu'ils vivent en ménage commun, ils répondent solidairement du
montant global de l'impôt (art. 13 al. 1 phr. 1 LIFD). Ainsi, l'autorité
fiscale peut choisir de quel débiteur solidaire elle désire requérir le
paiement de la dette d'impôt. Elle peut également le requérir des deux
débiteurs simultanément ou successivement (arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003
consid. 2.2 et les références). Lorsque le couple ne vit pas (plus) en ménage
commun, la solidarité prend fin ex lege lors de la séparation (art. 13 al. 2
LIFD; arrêt 2C_58/2015 du 23 octobre 2015 consid. 5.2 et les références).
L'impôt fédéral direct est perçu sur la base de la taxation. Lorsque la
taxation n'est pas encore effectuée au terme d'échéance, l'impôt est perçu à
titre provisoire. Les impôts perçus à titre provisoire sont imputés sur les
impôts dus selon la taxation définitive. Si les montants perçus sont
insuffisants, la différence est exigée; les montants perçus en trop sont
restitués (art. 162 LIFD). Une facture d'impôt perçu à titre provisoire ne peut
ni être contestée, ni faire l'objet d'une exécution forcée et ne saurait par
conséquent pas non plus entrer en force (arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003
consid. 2.1 et les références).
4.2. Dans l'arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003, le Tribunal fédéral a déjà eu
à examiner le point de savoir à quel débiteur solidaire un impôt perçu en trop
doit être restitué, lorsque les époux se sont entretemps séparés et ne
répondent ainsi plus solidairement de la dette d'impôt. Il est arrivé à la
conclusion, se fondant en particulier sur l'avis doctrinal de Behnisch
(BRIGITTE BEHNISCH, Die Stellung der Ehegatten im Veranlagungs-, Rechtsmittel-,
Bezugs- und Steuerstrafverfahren, thèse Berne 1992, p. 209), que dans un tel
cas de figure, il n'est pas justifié de restituer à chacun des époux par moitié
les montants payés en trop.
Dans la mesure où, dans le cas dont il était question dans l'arrêt 2A.379/2002
du 18 février 2003, la taxation était nulle, la restitution aux époux en
fonction de leurs éléments imposables respectifs ne constituait pas une
solution adéquate. C'est par conséquent à la personne qui s'était acquittée du
paiement des acomptes à restituer que le Tribunal fédéral a jugé justifié de
rembourser ceux-ci (arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003 consid. 2.2).
4.3. L'autorité précédente a jugé que la LIFD ne contenait aucune disposition
relative à la restitution d'impôt perçu en trop pour une période durant
laquelle des époux étaient mariés mais qui, par la suite, ont divorcé, se sont
séparés judiciairement ou de fait. Citant un avis doctrinal, ainsi que l'art.
13 al. 2 LIFD qui réglemente le début et la fin de la responsabilité solidaire
en matière fiscale entre les époux (cf. consid. 4.1 ci-dessus), la Cour de
justice a considéré qu'il était recommandé de calculer le droit au
remboursement de chaque époux selon les critères qui s'appliquent à leur
responsabilité pour le paiement de l'impôt. Elle a également fondé cette
position sur la jurisprudence du Tribunal fédéral 2A.379/2002 du 18 février
2003 précitée. La Cour de justice a encore relevé qu'après la séparation du
couple, chaque conjoint ne répond plus que jusqu'à concurrence du montant
correspondant à sa part de l'impôt global pour les créances nées avant la
séparation, respectivement pour les créances issues d'une période de taxation
commune.
Pour sa part, la recourante, estime que la Cour de justice a violé l'art. 162
al. 3 LIFD, qui dispose en particulier que les montants d'impôt perçus en trop
sont restitués. Selon elle, l'autorité précédente a fait une mauvaise
appréciation de cette disposition et s'est fondée sur une jurisprudence du
Tribunal fédéral qui ne concerne pas la même situation de fait que la sienne.
La recourante estime que la question de la clé de répartition demeure ouverte
dans la mesure où la LIFD est muette à ce sujet et que la jurisprudence n'a pas
pris de position claire à cet égard. Selon elle, l'Administration fiscale
aurait dû procéder à un remboursement par moitié à chacun des époux. Le
remboursement intervenu viole en outre l'interdiction de discrimination prévue
par l'art. 8 al. 2 Cst. en ce que l'entier de la somme due a été versée à
l'homme et que la femme, qui était débitrice solidaire lors du paiement de
l'acompte d'impôt, n'a rien obtenu lors du remboursement.
4.4. En l'occurrence, la Cour de justice a retenu que les éléments imposables
pour la période fiscale 2007 provenaient exclusivement de l'ancien époux de la
recourante, celle-ci n'ayant perçu aucun revenu durant cette année. En outre,
il ressort également de l'arrêt entrepris que c'est uniquement l'ancien époux
qui s'est acquitté du paiement des acomptes. Dans ces conditions, la
jurisprudence développée dans l'arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003 est
parfaitement applicable à la présente cause, malgré le fait qu'en l'espèce, la
taxation n'est pas nulle. Rien ne justifie de renoncer à son application. Si,
dans l'arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003, les versements d'acomptes par le
contribuable ont certes été effectués alors que les époux ne faisaient déjà
plus ménage commun, il n'en demeure pas moins qu'ils l'ont été pour le couple.
Or, qu'il s'agisse de versements effectués pour les deux époux, alors que
ceux-ci n'étaient plus solidaires, ou, comme dans la présente cause, que le
versement soit intervenu alors que les époux répondaient encore solidairement
de la dette d'impôt n'a pas d'importance en l'espèce. En effet, dans sa
jurisprudence, le Tribunal fédéral a laissé entendre que la solution tendant au
remboursement selon les éléments imposable devait être préconisée, mais que
lorsque la taxation était nulle et que cette solution n'était pas possible, il
fallait regarder qui s'était acquitté des acomptes (arrêt 2A.379/2002 du 18
février 2003 consid. 2.2). Or, en l'occurrence, outre que c'est l'ancien mari
de la recourante qui s'est acquitté seul des acomptes, ce qui est déterminant
c'est que ce ne sont que les éléments imposables de celui-ci qui étaient
concernés par la taxation. Rien ne justifie donc un remboursement à la
recourante. Il n'est ainsi aucunement question de violation de l'art. 162 al. 3
LIFD.
4.5. Il ne saurait par ailleurs être question de discrimination de la
recourante en tant que femme (art. 8 al. 2 Cst.). Ce n'est en effet nullement
le fait qu'elle soit une femme qui a conduit l'Administration fiscale à ne pas
lui restituer les montants d'impôt versés en trop. C'est uniquement parce que
son ancien mari s'est acquitté seul des acomptes et que ce sont exclusivement
les éléments imposables de celui-ci qui ont été taxés qui ont, dans le cas
d'espèce, exclu un remboursement à la recourante. Le grief de violation de
l'art. 8 al. 2 Cst. doit par conséquent également être écarté.
4.6. En définitive, compte tenu des éléments qui précèdent, il convient de
rejeter le recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. Comme l'a
déjà expliqué le Tribunal fédéral dans l'arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003,
il ne serait pas cohérent de permettre à la recourante de percevoir une partie
des montants à restituer, alors qu'il est retenu en fait qu'elle ne s'est pas
acquittée des acomptes et que les époux n'ont pas été imposés sur son revenu en
2007. Si elle désire faire valoir une quelconque prétention envers son ancien
mari, il lui appartient de passer par la voie civile (cf. arrêt 2A.379/2002 du
18 février 2003 consid. 2.2).
II. Impôts cantonal et communal
5.
5.1. La loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des
cantons et des communes (LHID; RS 642.14), outre pour l'imposition à la source
(cf. art. 49 LHID), ne prévoit d'harmonisation ni pour la perception (cf. arrêt
2C_939/2011 du 7 août 2012 consid. 6), ni pour le remboursement des impôts (cf.
arrêt 2C_586/2017 du 30 novembre 2018 consid. 4.1). C'est par conséquent
uniquement le droit cantonal qui règle cette question (cf. PETER LOCHER,
Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2015, n. 3
ad introduction aux art. 160 ss LIFD). Or, sauf dans les cas cités expressément
à l'art. 95 LTF, le recours devant le Tribunal fédéral ne peut pas être formé
pour violation du droit cantonal en tant que tel. Il est certes possible de
faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal ou communal
constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire
au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels. Le
Tribunal fédéral n'examine toutefois le moyen tiré de la violation d'une norme
de rang constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière
précise (art. 106 al. 2 LTF).
Une décision est arbitraire (art. 9 Cst.) lorsqu'elle contredit clairement la
situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique
clair et indiscuté ou qu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la
justice et de l'équité. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une solution
autre que celle de l'autorité cantonale semble concevable, voire préférable.
Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que
sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit
arbitraire dans son résultat (ATF 144 I 318 consid. 5.4 p. 326 s. et les
références).
5.2. L'autorité précédente a jugé que le remboursement d'excédents d'acomptes
provisionnels était soumis aux dispositions cantonales de la loi genevoise du
26 juin 2008 relative à la perception et aux garanties des impôts des personnes
physiques et des personnes morales (LPGIP/GE; RSGE D 3 18), dont l'art. 1 let.
b prévoit que cette loi est applicable à la perception des impôts, rappels
d'impôt, amendes et frais régis par diverses lois cantonales, dont en
particulier la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des
personnes physiques (LIPP/GE; RSGE D 3 08). La Cour de justice a également fait
mention du règlement genevois du 1er décembre 2008 relatif à la perception et
aux garanties des impôts des personnes physiques et des personnes morales
(RPGIP/GE; RSGE D 318.01). Elle a d'abord mentionné que l'art. 31 al. 1 LPGIP/
GE prévoit qu'en cas de remboursement à des époux vivant en ménage commun,
chaque conjoint est habilité à recevoir valablement ces montants dans la mesure
où ils concernent des impôts perçus sur la base d'une taxation conjointe. Elle
a ensuite présenté l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE qui dispose pour sa part que
lorsque des montants d'impôt perçus auprès de contribuables mariés, qui
faisaient ménage commun, doivent être remboursés après leur divorce ou leur
séparation en droit ou de fait, le remboursement est effectué par moitié à
chacun d'eux. Les époux ou ex-époux peuvent toutefois présenter au département,
dans le délai fixé par celui-ci, une convention signée par chacun d'eux
prévoyant une clé de répartition différente. Si l'art. 7 al. 5 RPGIP/GE prévoit
que les acomptes qui ne concernent qu'un ex-époux ne peuvent être restitués
qu'à cet ex-époux, la Cour de justice a considéré qu'en aménageant, à travers
cette disposition, une modalité supplémentaire aux conditions de la restitution
des acomptes à des époux séparés ou divorcés, le Conseil d'Etat était sorti du
cadre prescrit par la LPGIP/GE. En conséquence, l'autorité précédente a jugé
que l'art. 7 al. 5 RPGIP/GE empiétait sur les compétences du Grand Conseil et
que cet article violait les principes de la légalité et de la séparation des
pouvoirs. La Cour de justice a néanmoins jugé que la solution prévue par l'art.
31 al. 2 LPGIP/GE, voulant que le remboursement après le divorce ou la
séparation s'effectue par moitié auprès de chacun des époux, menait à une
répartition arbitraire des excédents d'acomptes provisionnels et ne respectait
pas le principe fédéral de l'harmonisation fiscale. Elle a donc en conséquence
exclu tout remboursement d'impôt à la recourante. Suite à ces développements,
la Cour de justice a jugé qu'en l'espèce, c'était à bon droit que le
remboursement litigieux avait été effectué uniquement en mains de l'ancien
époux de la recourante.
Pour sa part, outre une application arbitraire de l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE, la
recourante invoque une violation du principe de la légalité et de l'art. 129
Cst. Selon elle, il ne saurait être question d'harmonisation en matière de
répartition des acomptes et des impôts payés durant la vie commune dans la
LHID. Elle convient du fait que la procédure de perception des impôts des
personnes physiques est réglée par la LPGIP/GE dans le canton de Genève, mais
s'oppose à l'interprétation qu'en a fait la Cour de justice, qu'elle juge
arbitraire. De son avis, l'art. 31 LPGIP/GE règle de manière exhaustive le
remboursement des impôts perçus en trop à des ex-époux et il n'est pas
soutenable de considérer que cette disposition, qui constitue une lex specialis
, est contraire à la LIPP/GE.
5.3. Tout d'abord, sur le vu des dispositions qui précèdent, il faut constater
que c'est sans arbitraire que l'autorité précédente a retenu que la LPGIP/GE
s'appliquait au cas d'espèce. Compte tenu de la lettre de l'art. 7 al. 5 RPGIP/
GE, manifestement contraire à celle de l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE, c'est
également sans arbitraire que la Cour de justice a retenu que la disposition
d'exécution violait en particulier le principe de la légalité. En revanche, la
Cour de justice se méprend lorsqu'elle estime que le principe de
l'harmonisation fiscale nécessite de procéder à une interprétation de la loi
cantonale conforme à la LIFD, c'est-à-dire contraire à sa lettre. Comme on l'a
vu précédemment (cf. consid. 5.1 ci-dessus), le domaine de la perception des
impôts n'est pas un domaine harmonisé et les cantons sont ainsi libres de
prévoir les règles qu'ils désirent. Or, le canton de Genève, en adoptant l'art.
31 al. 2 LPGIP/GE, a expressément souhaité qu'ensuite du divorce ou de la
séparation d'un couple, faute de convention, l'excédent d'impôt soit restitué
par moitié aux deux époux. L'interprétation faite par l'autorité précédente et
présentée ci-dessus est ainsi clairement arbitraire. Il est insoutenable
d'exclure la répartition par moitié en se prévalant d'un principe qui ne
s'applique pas en l'espèce, alors que l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE prévoit sans
équivoque une telle répartition. On ne voit au demeurant pas en quoi l'art. 31
al. 2 LPGIP/GE serait contraire à la LIPP/GE. La Cour de justice ne l'explique
d'ailleurs pas, se limitant à relever que les dispositions topiques de la LIPP/
GE sont semblables à celles de la LIFD. Or, la LIFD ne règle pas la question de
savoir à qui doivent être restitués des impôts perçus en trop (cf. consid. 4
ci-dessus). Ainsi, dans la mesure où la LIPP/GE ne règle pas non plus cette
question, mais que la LPGIP/GE le fait, il est arbitraire de ne pas s'y tenir.
Par conséquent, la recourante, séparée de son ancien époux lors de la
restitution, avait droit, en application de l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE, de
recevoir la moitié du montant d'ICC à rembourser. On ajoutera qu'il n'est de
toute façon pas nécessaire, dans ce domaine, de prévoir une solution qui soit
identique à celle retenue en matière d'IFD, dès lors que pour les deux
catégories d'impôt, le montant à restituer est clairement défini et qu'il n'est
en aucun cas difficile de rembourser une part à l'un des époux et une autre
part à l'autre.
5.4. Compte tenu de l'interprétation arbitraire de l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE
effectuée par la Cour de justice, il convient d'admettre le recours en tant
qu'il concerne l'ICC 2007 et de condamner l'Administration fiscale à verser à
la recourante un montant de 1'504'347 fr. 80, représentant la moitié du montant
de 3'008'695 fr. 60 restitué par cette autorité à l'ancien époux de la
recourante pour l'ICC 2007 perçu en trop. A toutes fins utiles, on ajoutera, à
l'attention de l'Administration fiscale, que l'autorité de la chose jugée du
présent arrêt ne produit d'effets qu'entre les parties au procès (ATF 125 III 8
consid. 3a p. 10 s.; arrêt 5A_434/2012 du 18 décembre 2012 consid. 3.3.1.1).
Cela signifie qu'il ne saurait être opposable à l'ancien époux de la
recourante, faute pour celui-ci d'avoir été invité à participer, à quelque
titre que ce soit, à la présente procédure.
6.
En résumé, le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct
et il est admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
L'Administration fiscale est condamnée à verser un montant de 1'504'347 fr. 80
à la recourante. Succombant en matière d'IFD, la recourante supportera le tiers
des frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF), le solde étant mis à la charge du
canton de Genève, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et
dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 4 LTF). En tant qu'il
succombe partiellement, le canton de Genève sera condamné à verser à la
recourante des dépens réduits (art. 68 al. 1 LTF), aucun dépens ne lui étant
alloué (art. 68 al. 3 LTF). La cause est renvoyée à la Cour de justice, afin
que celle-ci procède à une nouvelle répartition des frais et dépens de la
procédure qui s'est déroulée devant elle (art. 67 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal et
l'arrêt de la Cour de justice du 5 mars 2019 est annulé, l'Administration
fiscale étant condamnée à verser à la recourante un montant de 1'504'347 fr.
80.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont mis pour 5'000 fr. à la
charge de la recourante et pour 10'000 fr. à la charge du canton de Genève.
4.
Le canton de Genève versera à la recourante la somme de 10'000 fr. à titre de
dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision sur les frais
et les dépens de la procédure antérieure.
6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à
l'Administration fiscale cantonale et à la Chambre administrative de la Cour de
justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration
fédérale des contributions.
Lausanne, le 26 septembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette