Sammlung der Entscheidungen des Schweizerischen Bundesgerichts
Collection des arrêts du Tribunal fédéral suisse
Raccolta delle decisioni del Tribunale federale svizzero

II. Öffentlich-rechtliche Abteilung, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten 2C.787/2012
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Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C_787/2012, 2C_788/2012

Urteil vom 15. Januar 2013
II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Zünd, Präsident,
Bundesrichter Donzallaz, Kneubühler,
Gerichtsschreiber Wyssmann.

Verfahrensbeteiligte
X.________ Consulting AG,
vertreten durch SwissInterTax AG,
Beschwerdeführerin,

gegen

Kantonales Steueramt Zürich, Dienstabteilung Recht, Postfach, 8090 Zürich.

Gegenstand
2C_787/2012:
Staats- und Gemeindesteuer (01.11.2003-31.12.2004),
2C_788/2012:
Direkte Bundessteuer (01.11.2003-31.12.2004),

Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2.
Kammer, vom 23. Mai 2012.

Sachverhalt:

A.
Die X.________ Consulting AG (nachfolgend die Steuerpflichtige) wurde am 27.
November 2003 mit einem Aktienkapital von Fr. 100'000.-- gegründet. Sie
bezweckt die Erbringung von Dienstleistungen aller Art im Finanzbereich.
Gründer waren A.Y.________ und seine Ehefrau B.Y.________. Das Aktienkapital
wurde durch die Gründer bar liberiert.
A.Y.________ führte zuvor im gleichen Bereich die Einzelfirma Y.________
Consulting sowie - zusammen mit seiner Ehefrau - die Y.________ GmbH Im
Zusammenhang mit der Neugründung wurde die Einzelfirma aufgelöst resp. in die
Pflichtige überführt. Zudem brachten die Gründer sämtliche Stammanteile der
Y.________ GmbH im Nennwert von Fr. 20'000.-- als Sacheinlage in die neu
gegründete Gesellschaft ein, welche die Beteiligung mit Fr. 20'000.--
aktivierte.

B.
Am 16. Februar 2004 schloss die Steuerpflichtige mit der Z.________ AG und
unter Beteiligung der Y.________ GmbH insgesamt drei Verträge ab:
Beim ersten Vertrag handelt es sich um einen "Kauf- und Abtretungsvertrag", mit
dem die Steuerpflichtige 55 Prozent der Stammanteile an der Y.________ GmbH an
die Z.________ AG veräusserte. Der Kaufpreis belief sich auf EUR 4'400'000.--
und enthielt einen Betrag von EUR 600'000.-- als Entschädigung für die
Geschäftsführung durch die Steuerpflichtige bei der Y.________ GmbH bis zum 30.
Juni 2008.
In einem zweiten Vertrag (bezeichnet als "Zusammenarbeitsvertrag") wurde die
Zusammenarbeit zwischen der Steuerpflichtigen, der Z.________ AG und der
Y.________ GmbH geregelt. Der Kaufpreis war innerhalb von vier Arbeitstagen
nach rechtsgültiger Übertragung der Stammanteile durch Überweisung von je EUR
2'200'000.-- auf zwei Konti bei der Zürcher Kantonalbank (ZKB) zu begleichen.
Eines der beiden Konti wurde als Escrow-Konto bezeichnet und diente als
Sicherheit und Pfand für die Ansprüche der Käuferin aus dem Kauf- und
Abtretungs- und aus dem Zusammenarbeits-Vertrag.
Einzelheiten zur Verpfändung des Kontoguthabens auf dem Escrow-Konto wurden in
einem dritten, als "Spezieller Pfandvertrag" bezeichneten Vertrag geregelt.

C.
Für das erste vom 27. November 2003 bis 31. Dezember 2004 dauernde
Geschäftsjahr reichte die Steuerpflichtige am 28. Juli 2005 die Steuererklärung
unter Beilage der durch die damalige Revisionsstelle ausgefertigten
Jahresrechnung 2003/2004 ein. Im Anhang zur Jahresrechnung wurde auf die
Verpfändung des Aktivguthabens auf dem Escrow-Konto hingewiesen. In der
Steuererklärung wurde der Reingewinn gemäss Geschäftsabschluss von Fr.
5'936'933.-- deklariert. Da die Steuerpflichtige gleichzeitig in Ziffer 6 der
Steuererklärung (Rubrik Abzüge/Vorjahresverluste mit dem zusätzlichen Vermerk
"Beteiligungsgewinn") den beim Verkauf der genannten GmbH-Beteiligung erzielten
Kapitalgewinn von Fr. 5'974'380.-- in Abzug brachte, ergab sich aus der
Deklaration per Saldo ein steuerbarer Gewinn von Fr. 0.--.
Am 6. Dezember 2005 reichte die Steuerpflichtige ein "Rektifikat" zur
Steuererklärung 2004 ein. Darin deklarierte sie nunmehr einen Reingewinn von
Fr. 2'546'680.-- und brachte sie (ebenfalls in der Ziffer 6 der
Steuererklärung) einen Kapitalgewinn von Fr. 2'584'127.-- in Abzug, womit sich
wiederum ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 0.-- ergab. Eine Erklärung für
diese Änderung wurde nicht abgegeben. Jedoch lag der rektifizierten
Steuererklärung ein Schreiben der A.________ Treuhand AG an die
Steuerpflichtige bei, in welchem die Erstere als "designierte neue
Kontrollstelle" die Vornahme von zwei Nachtragsbuchungen empfahl, und zwar die
Ausbuchung des Escrow-Kontos zu Lasten des verbuchten Kapitalgewinns und eine
Wertberichtigung auf Forderungen der Steuerpflichtigen gegenüber der Y.________
GmbH. Beigelegt wurde zudem ein Bilanzstatus per 31. Dezember 2004 nach
Korrekturbuchungen. Eine revidierte Jahresrechnung im Sinn von Art. 662 Abs. 2
OR wurde nicht eingereicht. Einem der rektifizierten Steuererklärung
beigelegten "Kauf- und Abtretungsvertrag/Aufhebungsvertrag" vom 31. Oktober
2005 zwischen der Steuerpflichtigen, der Z.________ AG und der Y.________ GmbH
liess sich entnehmen, dass die mit den Verträgen vom 16. Februar 2004
vereinbarte Zusammenarbeit zwischen der Steuerpflichtigen und der Z.________ AG
auf den 1. November 2005 aufgehoben worden war und die Steuerpflichtige von
dieser die Stammeinlage von Fr. 11'000.-- (55 Prozent des Stammkapitals an der
Y.________ GmbH) unter Verwendung des Escrow-Guthabens für EUR 1'450'000.--
zurückgekauft hatte.

D.
Mit Veranlagungsverfügung vom 2. Februar 2007 wurde die Steuerpflichtige für
die Steuerperiode (Geschäftsjahr) vom 27. November 2003 bis 31. Dezember 2004
mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 6'034'300.-- (Bund und Kanton) und
einem steuerbaren Eigenkapital von Fr. 6'036'000.-- (Kanton) eingeschätzt. Die
beantragten Bilanzkorrekturen lehnte das kantonale Steueramt Zürich
(Veranlagungsbehörde) gestützt auf einen Bericht des steueramtlichen Revisors
ab. Den Beteiligungsabzug für den Kapitalgewinn aus der Veräusserung der
Stammanteile der Y.________ GmbH gewährte sie nicht, weil das gesetzliche
Erfordernis der Mindesthaltedauer von einem Jahr nicht erfüllt sei.

E.
Die Steuerpflichtigen führten Einsprache ohne Erfolg. Rekurs und Beschwerde der
Steuerpflichtigen wies die Steuerrekurskommission I des Kantons Zürich (heute:
Steuergericht des Kantons Zürich) mit Entscheid vom 19. März 2008 ab. Die von
der Steuerpflichtigen daraufhin erhobenen Beschwerde hiess das
Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit zwei Entscheiden vom 17. Dezember
2008 teilweise gut und wies die Sache zur weiteren Untersuchung und zu neuem
Entscheid an das kantonale Steueramt zurück. Gemäss den Ausführungen des
Verwaltungsgerichts war ungeklärt geblieben, ob die Beteiligung an der
Y.________ GmbH sich im Privat- oder Geschäftsvermögen der Einzelfirma von
A.Y.________ befunden habe und ob die Beteiligung im Rahmen einer
steuerneutralen Umstrukturierung in die steuerpflichtige Gesellschaft
eingebracht worden sei.

F.
Nach einer ergänzenden Untersuchung wies das Kantonale Steueramt Zürich die
Einsprachen im zweiten Rechtsgang am 2. November 2010 erneut ab. Rekurs und
Beschwerde blieben erfolglos (Entscheid des Steuergerichts des Kantons Zürich
vom 18. Februar 2011). Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die
Beschwerde in zwei Entscheiden vom 23. Mai 2012 in Bezug auf die Staats- und
Gemeindesteuern und die direkte Bundessteuer ab.

G.
Gegen die beiden Entscheide des Zürcher Verwaltungsgerichts führt die
X.________ Consulting AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten
mit den Anträgen, es sei der Gewinn auf Fr. 0.-- (Staats-, Gemeinde- und
direkte Bundessteuer) und das steuerbare Kapital auf Fr. 3'378'000.-- (Staats-
und Gemeindesteuern) festzusetzen.
Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich
beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die
Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf kostenfällige Abweisung der
Beschwerde, soweit diese die direkte Bundessteuer betrifft.

Erwägungen:

1.
1.1 Die Beschwerdeführerin ficht die beiden Entscheide des Verwaltungsgerichts
des Kantons Zürich betreffend die Staats- und Gemeindesteuern und die direkte
Bundessteuer in einer einzigen Beschwerdeeingabe an. Das ist zulässig, sofern
in der Beschwerde zwischen den beiden Steuerarten unterschieden wird und aus
den Anträgen hervorgeht, inwieweit diese angefochten sind und wie zu
entscheiden ist (BGE 135 II 260 E. 1.3.2 S. 264 f.; 131 II 553 E. 4.2). Das
Bundesgericht seinerseits eröffnet grundsätzlich zwei Verfahren, wenn sowohl
die kantonalen Steuern wie auch die direkte Bundessteuer streitig sind, um die
Fälle aller Kantone einheitlich zu erfassen. Es behält sich aber vor, die
beiden Verfahren zu vereinigen und nur ein Urteil zu fällen. Das rechtfertigt
sich auch hier, nachdem es um den gleichen Steuersachverhalt geht, sich die
gleichen Parteien gegenüberstehen, die Materie steuerlich harmonisiert ist und
sich identische Rechtsfragen stellen (vgl. Urteil 2C_603/2012, 2C_604/2012 vom
10. Dezember 2012 E. 1).

1.2 Die Beschwerde wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs.
1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) von einer durch die Entscheidung besonders
berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder
Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG) eingereicht und richtet sich gegen die
Endentscheide (Art. 90 BGG) einer letzten, oberen kantonalen Instanz (Art. 86
Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts
(Art. 82 lit. a BGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.

1.3 Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG
geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an
(Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen
Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen - ebenso wie Bundesrecht (Art. 95
lit. a BGG) - mit freier Kognition. In den Bereichen, in denen das Bundesgesetz
vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone
und Gemeinden (StHG; SR 642.14]) den Kantonen einen gewissen
Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts
auf Willkür (BGE 134 II 207 E. 2 S. 210; 130 II 202 E. 3.1 S. 205 f.; Urteil
2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.5.2 mit Hinweisen).

1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten
Sachverhalt zugrunde, soweit die Sachverhaltsfeststellungen nicht
offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art.
95 BGG beruhen (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Es gilt im
Wesentlichen das Willkürverbot (Art. 9 BV; BGE 133 II 249 E. 1.4.3).
Die Vorinstanz verweist in tatsächlicher Hinsicht weitgehend auf die
Feststellungen des Steuerrekursgerichts und macht damit dessen
Sachverhaltsfeststellungen zu seinen eigenen. Zu prüfen sind die von der
Beschwerdeführerin erhobenen Sachverhaltsrügen daher auch auf dem Hintergrund
des vom Steuerrekursgericht festgestellten Sachverhalts, wobei hierfür die
Bindung des Bundesgerichts an die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz
gemäss Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG ebenso gilt.
I. Direkte Bundessteuer

2.
Umstritten und zu prüfen ist zunächst, ob und in welchem Umfang die
Beschwerdeführerin in ihrem ersten überjährigen Geschäftsjahr einen
Kapitalgewinn aus der Veräusserung von 55 Prozent der Beteiligung an der
Y.________ GmbH an die Z.________ AG erzielt hat und damit einhergehend die
Frage der Bilanzkorrektur resp. einer Rückstellung.

2.1 Die Beschwerdeführerin macht vor Bundesgericht erneut geltend, diese
Veräusserung bilde Teil eines aufschiebend bedingten Rechtsgeschäfts. Bei
solchen Geschäften erfolge der Einkommenszufluss erst im Zeitpunkt, in dem der
Schwebezustand wegfalle und feststehe, dass der Empfänger des fraglichen
Einkommens diese ohne weitere Gegenleistung behalten darf. Die vorbehaltlose
Verbuchung des gesamten Erlöses aus der Veräusserung von 55 Prozent der
Stammanteile der Y.________ GmbH sei handelsrechtswidrig. Die
Beschwerdeführerin hat daher sowohl in der Steuererklärung 2004 wie auch in der
"rektifizierten" Steuererklärung 2004 einen Abzug "Beteiligungsgewinn" gemacht,
womit sich jeweils ein steuerbarer Gewinn von Fr. 0.-- einstellte. Eine
dementsprechend berichtigte Bilanz legte sie aber nie vor.

2.2 Gemäss Art. 58 Abs. 1 lit. a des Bundesgesetzes über die direkte
Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11) bildet der Saldo der
Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrags Ausgangspunkt für die
Bestimmung des steuerbaren Reingewinns (Grundsatz der Massgeblichkeit der
Handelsbilanz für die Steuerbilanz). Das Massgeblichkeitsprinzip gilt aber nur,
wenn der Erfolgsausweis nicht unter Verletzung zwingender Bestimmungen des
Handelsrechts zustande kam und sofern keine speziellen steuerrechtlichen
Vorschriften für die Gewinnermittlung zu beachten sind (Urteil 2A.370/2004 vom
11. November 2005 E. 2.1, in: ASA 77 S. 257 ff., 260 f.; Urteil 2C_29/2012 vom
16. August 2012 E. 2.1, in: StR 67/2012 S. 756 mit weiteren Hinweisen). Nach
dem Massgeblichkeitsprinzip muss sich die steuerpflichtige Gesellschaft
grundsätzlich bei der in ihren ordnungsgemäss geführten Büchern erscheinenden
Darstellung der Vermögenslage des Jahresergebnisses behaften lassen. Wurden
handelsrechtswidrige Ansätze gewählt, ist eine Korrektur bis zum Eintritt der
Rechtskraft der Veranlagung zulässig (sog. Bilanzberichtigung; vgl. Urteile
2C_29/2012 vom 16. August 2012 E. 2.1, in: StR 67/2012 S. 756; 2C_515/2010 vom
13. September 2011 E. 2.2, in: StE 2011 B 23.41 Nr. 5; je mit weiteren
Hinweisen; Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil 2004, N. 15 ff. und 22 ff.
zu Art. 58 DBG).

2.3 Die Beschwerdeführerin legt dar, das Vertragswerk mit der Z.________ AG,
bestehend aus dem Kauf- und Abtretungsvertrag, dem Zusammenarbeitsvertrag und
dem Speziellen Pfandvertrag, bilde ein unteilbares Ganzes und müsse einheitlich
beurteilt werden. Die Würdigung des Gesamtkonstrukts ergäbe, dass die
Z.________ AG die Beteiligung an der Y.________ GmbH nur unter der Bedingung
gekauft habe, dass A.Y.________ während mindestens 4½ Jahren die
Geschäftsführung der Y.________ GmbH besorge, wobei die Kaufpreisforderung
(einschliesslich der Entschädigung für die Geschäftsführung durch die
Beschwerdeführerin von EUR 600'000.--) EUR 4'400'000.-- betrage. Bis zu diesem
Zeitpunkt sei das Rechtsgeschäft als aufschiebend bedingt zu betrachten und
seien die im Pfandvertrag genannten jeweiligen Summen im Rahmen eines Escrow
Account bei der ZKB sicherzustellen. Der Einkommenszufluss erfolge erst, wenn
dieser Schwebezustand beseitigt sei und feststehe, dass der Empfänger das
Einkommen ohne weitere Gegenleistung behalten könne. Die Vorinstanz habe den
Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt und daraus die falschen
rechtlichen Schlüsse gezogen.

2.4 Das trifft offensichtlich nicht zu. Das Verwaltungsgericht und namentlich
das Steuerrekursgericht, auf dessen Sachverhaltsfeststellungen und Erwägungen
das Verwaltungsgericht zum Teil verweist (vorn E. 1.4), haben die Verträge
eingehend analysiert. Es ist unbestritten, dass der Kaufpreis von EUR
4'400'000.-- (mit Ausnahme der EUR 600'000.-- für die Entschädigung der
Geschäftsführung) für den Erwerb der Beteiligung geschuldet war. Dabei geht es
aber nicht um ein aufschiebend (suspensiv) bedingtes Rechtsgeschäft, das erst
mit dem Eintritt der Bedingung wirksam wurde (Art. 151 OR), wie die
Beschwerdeführerin geltend macht, sondern um ein von Anfang an wirksames
Rechtsgeschäft mit Erfüllung der Leistungen Zug um Zug (vgl. Art. 82, 184 Abs.
2 OR). Gemäss dem Kauf- und Abtretungsvertrag vom 16. Februar 2004 war der
Kaufpreis von EUR 4'400'000.-- "innerhalb von vier Arbeitstagen nach
rechtsgültiger Übertragung des Stammanteils auf die Käuferin" zu begleichen.
Weshalb mit Bezug auf den Kaufpreis von einem bedingten Anspruch gesprochen
werden muss, ist daher unerfindlich. Aus diesem Vertrag ergibt sich nur, dass
die Käuferin vom Kaufpreis den Betrag von EUR 2'200'000.-- auf das so genannte
Escrow-Konto bei der ZKB, das als Sicherheit für die Ansprüche der Käuferin aus
dem Zusammenarbeitsvertrag an diese verpfändet war, einzuzahlen hatte. Die
weiteren EUR 2'200'000.-- wurden auf ein gewöhnliches Konto bei der ZKB
einbezahlt. Die Käuferin überwies die Beträge bereits am 19. Februar 2004, wie
das Steuerrekursgericht für das Bundesgericht verbindlich festgestellt hat. Es
deutet nichts darauf hin, dass die Zahlung des Kaufpreises aufgeschoben worden
wäre.
Aus dem zwischen der Beschwerdeführerin und der Käuferin geschlossenen
Zusammenarbeitsvertrag folgt nichts anderes. Darin wurde die Zusammenarbeit
zwischen der Beschwerdeführerin und der Z.________ AG für 4½ Jahre festgelegt.
Für den Fall, dass die Beschwerdeführerin die Geschäftsführertätigkeit
vorzeitig beendet, hat sie der Z.________ AG eine Entschädigung zu bezahlen.
Der Zusammenarbeitsvertrag sieht für die Berechnung der Entschädigung je nach
Dauer der Tätigkeit abgestufte Beträge vor, beginnend mit EUR 3,5 Mio. (Januar
04-Dezember 04), EUR 1,7 Mio. (Januar 05-Juni 05), EUR 1,45 Mio. (Juli
05-Dezember 05) usw. Damit wurde jedoch keine aufschiebende Bedingung für den
zu bezahlenden Kaufpreis vereinbart, sondern werden lediglich die Bedingungen
für eine allfällige Rückabwicklung der Geschäftsbeziehungen im Falle des
Scheiterns der Zusammenarbeit festgelegt, wie das Steuerrekursgericht
willkürfrei festgestellt hat.
Zur Sicherung der etwaigen Schadenersatzansprüche der Käuferin diente das
Escrow-Konto. Auf diesem war ein Teil des Kaufpreises zu hinterlegen, wobei
halbjährlich ein Betrag von EUR 250'000.-- freigegeben wurde. Das
Steuerrekursgericht und die Vorinstanz schlossen daraus, dass sich die Käuferin
mit dem Escrow Account bei einem Scheitern der Zusammenarbeit schadlos halten
will. Tatsächlich wurde die Zusammenarbeit per 1. November 2005 aufgehoben und
bezahlte die Beschwerdeführerin der Z.________ AG die gemäss dem
Zusammenarbeitsvertrag geschuldeten EUR 1,45 Mio. (Juli 05-Dezember 05) unter
Verwendung des Guthabens auf dem Escrow-Konto. Auch das deutet nicht darauf
hin, dass der auf dieses Konto einbezahlte Kaufpreis nur bedingt geschuldet
gewesen wäre, wie die Vorinstanzen zu Recht dargelegt haben.
Nach dem Gesagten ist somit davon auszugehen, dass der Beschwerdeführerin mit
der Bezahlung des Kaufpreises für die Beteiligung an der Y.________ GmbH durch
die Z.________ AG auf insgesamt zwei Konti bei der ZKB ein Vermögenswert
zugeflossen ist, der nach den handelsrechtlichen Grundsätzen entsprechend zu
verbuchen war (Art. 663 und 959b OR). Es liegt kein aufschiebend bedingtes
Geschäft vor, wie die Beschwerdeführerin behauptet. In dieser Hinsicht hat das
Verwaltungsgericht weder den gegenseitig übereinstimmenden Vertragswillen
unhaltbar (willkürlich) festgestellt, noch die Vertragswirkungen in einer
Bundesrecht verletzenden Weise beurteilt.

2.5 Zu prüfen bleibt der Einwand der Beschwerdeführerin, dass angesichts der
vereinbarten Zusammenarbeit von 4½ Jahren eine Rückstellung mit entsprechender
Passivierung vorzunehmen gewesen wäre, um so dem handelsrechtlichen
Realisationsprinzip wie auch dem Grundsatz der zeitlichen Abgrenzung zu
genügen.
Rückstellungen werden gebildet für Verluste oder für Verbindlichkeiten, die am
Bilanzstichtag wahrscheinlich oder sicher, aber hinsichtlich ihrer Höhe noch
unbestimmt sind (Boemle/Lutz, Der Jahresabschluss, 5. Aufl. 2008, S. 370;
Conrad Meyer, Betriebswirtschaftliches Rechnungswesen, 3. Aufl. 2012, S. 28,
95, 260). Rückstellungen müssen gemäss Art. 669 Abs. 1 OR insbesondere
vorgenommen werden, um ungewisse Verpflichtungen oder um drohende Verluste aus
schwebenden Geschäften zu decken. Ungewisse Verpflichtungen sind solche, deren
Bestand noch fraglich oder bei denen Höhe und Zeitpunkt der Fälligkeit noch
unklar ist; mit der Rückstellung für drohende Verluste aus schwebenden
Geschäften wird nach dem Imparitätsprinzip eine Verschlechterung im laufenden
Geschäftsjahr berücksichtigt (Neuhaus/ Balkanyi, in: Basler Kommentar,
Obligationenrecht II, 3. Aufl. 2008, N 18 f. zu Art. 669 OR; Boemle/Lutz,
a.a.O., S. 130). Es ist aber nicht zulässig, eine Pauschalrückstellung für
drohende Verluste aus allgemeinem Unternehmerrisiko zu bilden, weil damit eine
fiktive Verpflichtung in die Bilanz aufgenommen würde (Botschaft über die
Revision des Aktienrechts vom 23. Februar 1983, BBl 1983 II S. 893 ad Art. 669
E-OR; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 8 Rz. 847 S. 1081).
Die Beschwerdeführerin hätte somit darzulegen, aufgrund welchen Ereignisses in
der Vergangenheit am Bilanzstichtag ein Verlust drohte oder mit einer bezüglich
Bestand, Höhe oder Fälligkeit ungewissen Verpflichtung zu rechnen war.
Diesbezüglich enthält die Beschwerde keine Ausführungen. Allein die Tatsache,
dass die Beschwerdeführerin mit der Z.________ AG einen Zusammenarbeitsvertrag
über 4½ Jahre schloss, lässt noch keine das übliche Geschäftsrisiko
übersteigende, konkrete Verlustgefahr oder mögliche Verpflichtung erkennen.
Solches ergibt sich auch nicht aus dem Escrow Account. Wie das
Steuerrekursgericht ausgeführt hat, wird unter diesem Begriff gemeinhin eine
Sicherstellung von Leistungen oder anderen Geschäftsbeziehungen zwischen zwei
Parteien durch eine Bank verstanden (s. auch Eidgenössische Steuerverwaltung,
Branchenbroschüre Nr. 14 Finanzbereich, 2009, Ziff. 6.2.5, für die
Mehrwertsteuer). Vorliegend diente das Escrow Account bei der ZKB der
Absicherung allfälliger Ansprüche der Käuferin bei vorzeitiger Beendigung des
Zusammenarbeitsvertrages (vorn E. 2.4). Allein damit ist nicht erwiesen, dass
für die Beschwerdeführerin ein Rückstellungsbedarf bestand. Die
Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dass aufgrund in der Vergangenheit
liegender Verhältnisse am Bilanzstichtag mit einer vorzeitigen Beendigung der
Zusammenarbeit zu rechnen war. Wie das Verwaltungsgericht zu Recht ausführt,
wären Zahlungseingänge für noch nicht oder erst teilweise erbrachte Leistungen
für die Dauer des Schwebezustandes am ehesten als Voraus- oder Anzahlungen zu
passivieren, doch habe die Beschwerdeführerin im massgebenden Jahresabschluss
in dieser Hinsicht keine Passivierung vorgenommen. Die Frage ist daher auch
hier nicht zu prüfen.

2.6 Da somit die handelsrechtliche Notwendigkeit auch einer Rückstellung nicht
ausgewiesen ist, hat die Vorinstanz eine Bilanzberichtigung zu Recht abgelehnt.

3.
Umstritten ist sodann, ob die Beschwerdeführerin auf dem Kapitalgewinn, den sie
aus der Veräusserung der 55-prozentigen Beteiligung an der Y.________ GmbH
erzielte, den Beteiligungsabzug gemäss Art. 69/70 DBG beanspruchen kann.

3.1 Ist eine Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft zu mindestens 20 Prozent
am Grund- oder Stammkapital anderer Gesellschaften beteiligt oder macht ihre
Beteiligung an solchem Kapital einen Verkehrswert von mindestens 2 Millionen
Franken aus, so ermässigt sich die Gewinnsteuer im Verhältnis des Nettoertrags
aus diesen Beteiligungen zum gesamten Reingewinn (Art. 69 DBG in der hier noch
anwendbaren ursprünglichen Fassung). Es handelt sich um den sog.
Beteiligungsabzug. Gemäss dem mit Bundesgesetz vom 10. Oktober 1997 über die
Reform der Unternehmensbesteuerung 1997 (AS 1998 669) in Art. 70 DBG neu
eingefügten Absatz 4 geben auch Kapitalgewinne auf der Veräusserung von
Beteiligungen Anspruch auf den Beteiligungsabzug. Dies aber nur:
"b. sofern die veräusserte Beteiligung mindestens 20 Prozent des Grund- oder
Stammkapitals der anderen Gesellschaft ausmacht und als solche während
mindestens eines Jahres im Besitze der Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft
war".
Das Kantonale Steueramt und die Vorinstanzen haben vorliegend den
Beteiligungsabzug auf der Veräusserung der Y.________ GmbH verweigert, weil die
Beschwerdeführerin die Beteiligung nur rund drei Monate in ihrem Besitz hielt,
das Erfordernis der Haltedauer mithin nicht erfüllt sei. Demgegenüber verlangt
die Beschwerdeführerin, dass ihr die Besitzesdauer der Rechtsvorgängerin, das
heisst der Personenunternehmung A.Y.________, angerechnet werde. Das ist im
Folgenden zu prüfen.

3.2 Der Beteiligungsabzug gemäss Art. 69/70 DBG bezweckt eine Milderung der
Mehrfachbelastung, die entsteht, wenn Untergesellschaften, die ihren Reingewinn
versteuert haben, diesen an eine Obergesellschaft ausschütten, welche ihren
Reingewinn ebenfalls versteuert, bevor sie diesen ganz oder teilweise an ihren
ebenfalls steuerpflichtigen Gesellschafter weiterleitet. Ohne den
Beteiligungsabzug müssten Erträge aus Beteiligungen an Kapitalgesellschaften
und Genossenschaften (mindestens) dreimal versteuert werden. Da die
Gewinnsteuer "im Verhältnis des Nettoertrags aus den Beteiligungen zum gesamten
Reingewinn" ermässigt wird (Art. 69 DBG), bleibt der Ertrag aus der Beteiligung
im Ergebnis steuerfrei. Damit wird eine Reduktion der steuerlichen
Mehrfachbelastung auf eine steuerliche Doppelbelastung angestrebt. Ziel ist die
Beschränkung der Besteuerung auf den eigentlichen Unternehmensgewinn (auf
operativer Ebene) und auf die Gewinnausschüttung beim Endbeteiligten (Aktionär)
unter Freistellung der Dividenden bei den Zwischen- oder
Beteiligungsgesellschaften (Urteile 2C_942/2011 vom 29. Mai 2012 E. 4.3.1, in:
StE 2012 B 72.22 Nr. 17, StR 67/2012 S. 597; 2A.531/1997 vom 25. Februar 1999
E. 2b, in: ASA 69 S. 735, StE 1999 B 74.311 Nr. 2; ausführlich: Marco Greter,
Der Beteiligungsabzug im harmonisierten Gewinnsteuerrecht, 2000, S. 8 ff.;
Locher, a.a.O., N. 1 ff, 6 ff. zu Art. 69 DBG; zum früheren Recht, s. Ernst
Känzig, Die direkte Bundessteuer [Wehrsteuer], 2. Aufl. 1992, N. 1 ff. zu Art.
59 BdBSt).

3.3 Mit der Reform der Unternehmensbesteuerung 1997 und der Aufnahme des neuen
Absatzes 4 in Art. 70 DBG ergibt sich diese Befreiung nunmehr auch für
Kapitalgewinne aus Beteiligungen. Als Voraussetzung für den Beteiligungsabzug
auf Kapitalgewinnen statuiert Art. 70 Abs. 4 lit. b DBG aber eine Haltedauer
von mindestens einem Jahr. Das gesetzgeberische Motiv für die Einführung einer
Mindesthaltedauer bestand darin, die Veräusserungsgewinne auf dem
Handelsbestand von Wertschriftenhändlern von den Kapitalgewinnen abzugrenzen
(Botschaft vom 26. März 1997 zur Unternehmenssteuerreform 1997, BBl 1997 II
1164 Ziff. 22 S. 1186, Ziff. 311 ad Art. 58a S. 1201; Locher, a.a.O., N. 14 zu
Art. 70 DBG). Der Gesetzeswortlaut ist allerdings allgemeiner formuliert und
schliesst alle kurzfristig (innerhalb eines Jahres) erzielten Kapitalgewinne
vom Beteiligungsabzug aus (vgl. Jürg Altorfer, Die Ausdehnung des
Beteiligungsabzuges auf Kapitalgewinne aus wesentlichen Beteiligungen, in: ST
72/1998 S. 166 f.; Duss/Altorfer, in: Kommentar zum schweizerischen
Steuerrecht, Band I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 25a zu Art. 70 DBG). Wortlaut und
Sinn des Gesetzes sind klar. Voraussetzung für den Beteiligungsabzug ist, dass
die Beteiligung während mindestens eines Jahres "im Besitze der
Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft" war. Für eine berichtigende Auslegung
des Gesetzes im Sinne einer Beschränkung der Mindesthaltedauer auf
Handelsgewinne besteht keine Handhabe. Eine Regelungslücke im Sinne einer
echten Gesetzeslücke liegt nicht vor (vgl. BGE 132 III 707 E. 2 S. 711; 131 II
562 E. 3.5 S. 567 f.; 128 I 34 E. 3b S. 42). Es verbiete sich daher, die Dauer
des Besitzes der Personenunternehmung an der Beteiligung zur Besitzesdauer der
Beschwerdeführerin hinzuzurechnen.

3.4 Die Beschwerdeführerin wendet ein, der Besitz im Sinne von Art. 70 Abs. 4
lit. b DBG werde in der Doktrin wirtschaftlich verstanden. In dieser Hinsicht
sei vorliegend entscheidend, dass die fragliche Beteiligung an der Y.________
GmbH der Beschwerdeführerin im Rahmen einer Umstrukturierung - durch Umwandlung
der Personenunternehmung in eine Aktiengesellschaft - steuerneutral zugeführt
worden sei. Durch die Umwandlung sei es im Wesentlichen zu einem
Rechtskleidwechsel gekommen, wobei sich in materieller Hinsicht - und damit
auch an der wirtschaftlichen Berechtigung an der Y.________ GmbH - nichts
geändert habe. Die Beschwerdeführerin erfülle damit offensichtlich die
Voraussetzungen für den Beteiligungsabzug.
Unter dem Besitz im Sinne von Art. 70 Abs. 4 lit. b DBG wird in der Regel die
wirtschaftliche Berechtigung verstanden (Duss/Altorfer, a.a.O., N. 29 zu Art.
70 DBG; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N.
23 zu Art. 70 DBG). Das Erfordernis des Besitzes und der Besitzesdauer bezieht
sich aber nach dem klaren Wortlaut des Gesetzes auf die "veräussernde
Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft" und nicht auf deren Gesellschafter.
Steuern und Abgaben müssen auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage beruhen,
was auch für Steuerbefreiungen und -ermässigungen gilt. Die Beschwerdeführerin
kann sich daher dem Vorbesitz ihres Aktionärs an der Y.________ GmbH nicht
anrechnen lassen.
Hinzu kommen steuersystematische Überlegungen. Der Beteiligungsabzug bezweckt -
wie gesehen (E. 3.2) - die Reduktion der Vielfachbelastung auf eine steuerliche
Doppelbelastung. Demgegenüber besteht bei einer Personenunternehmung, die in
ihrem Besitz die Beteiligung an einer Kapitalgesellschaft hält, von Anfang an
nur eine steuerliche Doppelbelastung, indem der Reingewinn der
Kapitalgesellschaft der Gewinnsteuer und die spätere Ausschüttung an den
Inhaber der Personenunternehmung der Einkommenssteuer unterliegen. Wird eine
solche Personenunternehmung in eine Kapitalgesellschaft eingebracht, kommt es
daher zu einem Systemwechsel. Das schliesst es aus, dass der
Kapitalgesellschaft der Vorbesitz des Aktionärs angerechnet wird. Daran vermag
auch nichts zu ändern, dass vorliegend die Umstrukturierung mit Einbringung der
Personenunternehmung A.Y.________ in die Beschwerdeführerin steuerneutral
abgewickelt werden konnte, wie die Beschwerdeführerin geltend macht.
Seit dem 1. Januar 2009 wird die steuerliche Doppelbelastung bei der
Einkommenssteuer bei qualifizierten Beteiligungen (10 Prozent des Grund- oder
Stammkapitals und mehr) sowohl im Geschäfts- wie auch im Privatvermögen (Art.
18b resp. Art. 20 Abs. 1bis DBG in der Fassung des Bundesgesetzes vom 23. März
2007 über die Unternehmenssteuerreform II, AS 2008 2893) zwar nicht beseitigt,
aber gemildert. In den Genuss dieser Steuererleichterung gelangen allenfalls
die Aktionäre der Beschwerdeführerin. Diese Milderung der Besteuerung betrifft
aber allein die Besteuerung des letzten Aktionärs als natürliche Person oder
Personenunternehmer und nicht die Gewinnsteuer der juristischen Personen. Auch
aus den seitherigen Gesetzesänderungen ergibt sich somit tendenziell nichts,
was die Betrachtungsweise der Beschwerdeführer stützen könnte. Für eine
Berücksichtigung der Haltedauer der Personenunternehmung A.Y.________ an der
Y.________ GmbH bei der Beschwerdeführerin besteht somit kein Raum.

4.
Aus dem Gesagten folgt, dass die Beschwerde hinsichtlich der direkten
Bundessteuer abzuweisen ist.
II. Staats- und Gemeindesteuern

5.
Art. 24 StHG erwähnt den Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz für
die steuerliche Gewinnermittlung (vgl. vorn E. 2.2) nicht ausdrücklich, doch
ist die Geltung des Grundsatzes, der in allen Kantonen angewendet wird und auch
in § 64 Abs. 1 des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) enthalten
ist, für Art. 24 StHG unumstritten. Ausgangspunkt für die Ermittlung des
steuerbaren Reingewinns ist somit im kantonalen Steuerrecht - wie bei der
direkten Bundessteuer - der Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung
des Saldovortrags des Vorjahres (vgl. Kuhn/Brülisauer, in: Kommentar zum
schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, 2. Aufl. 2002, N. 9 zu Art. 24 StHG;
Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher
Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 8 zu § 64 StG/ZH; Urteil 2A.465/2006 vom 19.
Januar 2007 E. 3.2, in: StE 2007 B 72.11 Nr. 15, StR 62/2007 S. 518, RDAF 2007
II 263). Bilanzkorrekturen sind folglich zulässig (und erforderlich), wo die
Gesellschaft gegen zwingende Grundsätze ordnungsgemässer Buchführung verstossen
und einen unrichtigen Gewinn ausgewiesen hat (vgl. vorn E. 2.2) sowie Richner
et al., a.a.O., N. 93 zu § 64 StG/ZH). Die Bilanzkorrektur ist vorliegend
kantonalsteuerlich somit nicht anders zu beurteilen als für die direkte
Bundessteuer.
Auch der Rückstellungsbegriff ist in Art. 10 Abs. 1 lit. b StHG (in Verb. mit
Art. 24 Abs. 4 StHG) gleich umschrieben wie in Art. 669 Abs. 1 OR, und
entspricht dem bundessteuerlichen Begriff der Rückstellung (Art. 63 Abs. 1 lit.
a und c DBG; vgl. vorn E. 2.5). Die Frage der Zulässigkeit (und Notwendigkeit)
einer Rückstellung stellt sich daher in gleicher Weise wie im Bundessteuerrecht
und ist gleich wie dort zu beantworten.
Schliesslich definieren Art. 28 Abs. 1bis StHG und § 72a Abs. 2 lit. b StG/ZH
auch die Haltedauer für den Beteiligungsabzug gleich wie die entsprechende
Vorschrift in Art. 70 Abs. 4 lit. b DBG (Richner/Frei/ Kaufmann/Meuter,
Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 16 ff. zu § 72a StG/ZH).
Der Beteiligungsabzug kann somit auch bei den kantonalen Steuern nicht
zugelassen werden.
Die Beschwerde ist auch hinsichtlich der Staats- und Gemeindesteuern
abzuweisen.

6.
Als unterliegende Partei hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu
tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Verfahren 2C_787/2012 und 2C_788/2012 werden vereinigt.

2.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die direkte Bundessteuer abgewiesen.

3.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern abgewiesen.

4.
Die Gerichtskosten von Fr. 16'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.

5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Kantonalen Steueramt Zürich,
dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen
Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 15. Januar 2013

Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts

Der Präsident: Zünd

Der Gerichtsschreiber: Wyssmann