II. Öffentlich-rechtliche Abteilung, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten 2C.603/2012
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Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal
{T 0/2}
2C_603/2012
2C_604/2012
Arrêt du 10 décembre 2012
IIe Cour de droit public
Composition
MM. les Juges fédéraux Zünd, Président,
Donzallaz et Kneubühler.
Greffier: M. Vianin.
Participants à la procédure
SI de la Fondation X.________ SA,
représentée par Mes Frédéric Cottier et
Roland Schweizer, avocats, Meyerlustenberger Lachenal,
recourante,
contre
Administration fiscale cantonale genevoise.
Objet
Impôt fédéral direct et impôts cantonal et communal 2006,
recours contre l'arrêt de la Cour de justice du canton
de Genève, Chambre administrative, 1ère section,
du 8 mai 2012.
Faits:
A.
La société anonyme SI de la Fondation X.________ SA (ci-après: la société ou la
recourante), constituée en 1947 et sise à A.________, a pour but de mettre à la
disposition de la Fondation Y.________ (ci-après: la fondation), pour les
besoins des activités de cette dernière, des locaux se trouvant dans les
immeubles que la société possède à A.________.
Dans un courrier du 30 août 1990 adressé à la société, la direction de la
division des personnes morales de l'Administration fiscale cantonale genevoise
s'est référée à un accord conclu avec elle le 11 janvier 1977, en considérant
que le maintien de celui-ci au taux actuel n'était pas satisfaisant. En effet,
"compte tenu de l'accroissement régulier des charges et frais d'entretien
ordinaires", cette convention ne permettait plus à l'administration "d'imposer
un quelconque bénéfice" dans le chef de la société. La direction proposait dès
lors d'appliquer, "à titre exceptionnel", les principes suivants en vue de la
détermination du bénéfice imposable de la société:
Loyer: 5,5% de la valeur comptable de l'immeuble
.............
./.
Intérêts hypothécaires
.............
Intérêts théoriques admis
80% valeur comptable immeuble
.............
./. hypothèques
.............
solde
.............
au taux de 4,75%
.............
Frais généraux
.............
Impôts
.............
.............
Bénéfice imposable
.............
Il était précisé que le bénéfice imposable ne pourrait être inférieur à 20'000
fr. par an. Ces règles étaient applicables dès l'année fiscale 1990 s'agissant
des impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) et à compter de la période 1989
/1990 concernant l'impôt fédéral direct (IFD).
Dans un courrier du 10 octobre 1995 faisant suite à une demande de
renouvellement du régime fiscal particulier accordé le 30 août 1990, la
direction de la division des personnes morales a indiqué que celui-ci était
maintenu à partir de la période fiscale 1995, tant pour les ICC que pour l'IFD.
Toutefois, le bénéfice imposable ne pourrait être inférieur à celui ressortant
du compte de pertes et profits de la société. L'arrangement était valable
jusqu'au 31 décembre 1999 et pourrait être renouvelé "pour autant que les
conditions de fait subsistent".
Par courrier du 8 avril 1999, le directeur de l'Administration fiscale
cantonale a fait savoir à la société que l'"accord donné le 30 août 1990,
valable jusqu'au 31 décembre 1994, est reconduit pour les années fiscales 1995
à 1998". A partir de l'année fiscale 1999, la société serait imposée "sans
bénéfice d'un statut particulier, conformément aux dispositions légales". Cela
signifiait que les comptes de celle-ci devraient enregistrer le loyer débité au
compte de pertes et profits de la fondation, que ce loyer devrait représenter
le prix du marché et que les règles relatives à la sous-capitalisation seraient
appliquées.
Dans une écriture du 1er octobre 2001 adressée au mandataire de la société, la
direction de la taxation des personnes morales de l'Administration fiscale
cantonale a confirmé le traitement fiscal de celle-ci dans les termes suivants:
"Taxation annuelle à partir de la période fiscale 1999 (clôture 30 juin 1999)
La taxation ordinaire de la S.I. de la Fondation X.________ s'effectuera sur la
base d'un bénéfice imposable fixé à 3% du 20% de la valeur comptable après
amortissement de l'immeuble.
Dans le cas où cette solution ferait apparaître dans l'avenir une différence
trop importante avec le bénéfice qui résulterait de l'obligation pour la
Fondation Y.________ de prendre à bail des locaux analogues auprès d'un tiers,
votre cliente reprendrait contact avec les administrations fiscales
compétentes.
Enfin, si la société immobilière concernée venait à comptabiliser de nouveaux
amortissements sur le bien immobilier, notre administration se réserve le droit
de dénoncer le présent accord.
[...]".
B.
Dans sa déclaration d'impôt pour la période 2006 (exercice commercial allant du
1er juillet 2005 au 30 juin 2006), datée du 30 avril 2007, la société a fait
état d'un bénéfice net imposable de 56'187 fr., alors que son bénéfice net
total dans le canton de Genève était de 74'873 fr. Le montant de 56'187 fr.
équivalait à 3% des 20% de la valeur comptable des immobilisations sous
déduction des amortissements au 30 juin 2006 (12'091'681 fr. ./. amortissements
de 2'727'170 fr. = valeur nette de 9'364'511 fr. dont les 3% des 20% = 56'187
fr.). Parmi les produits conduisant au résultat de 74'873 fr. figuraient
notamment des loyers de 631'900 fr. versés par la fondation et, parmi les
charges, des intérêts de 4,75% sur une dette de 8'730'101 fr. (solde au 30 juin
2005) à l'égard de la fondation, soit 414'680 fr.
Le 17 juillet 2007, l'Administration fiscale cantonale a notifié à la société
les bordereaux pour l'IFD et les ICC de la période 2006. Le bénéfice imposable
se montait à 195'300 fr. pour le premier et à 195'397 fr. pour les seconds. Ce
dernier montant s'obtenait en ajoutant au bénéfice net de 74'873 fr. une somme
de 120'524 fr., qui avait été reprise sur les intérêts de 414'680 fr.
L'Administration fiscale cantonale avait calculé l'endettement maximal
admissible sur la base d'une valeur déterminante des immeubles de 12'954'454
fr. Elle avait admis un taux de 3,375% sur les deux tiers de ce montant, soit
8'614'803 fr. Sur le solde de la dette, à savoir 77'862 fr. (= moyenne corrigée
de 8'692'665 ./. 8'614'803), elle avait retenu un taux de 4,375%. Les intérêts
totaux admissibles se montaient ainsi à 294'156 fr., de sorte qu'un montant de
120'524 fr. devait être repris (= 414'680 ./. 294'156).
A l'encontre de ces décisions, la société a formé réclamation. Elle s'est
prévalue de l'accord du 1er octobre 2001, conformément auquel elle avait été
taxée lors des périodes 2002 à 2004. En 2005, elle avait été imposée sur la
base de son résultat comptable, plus élevé que le bénéfice déterminé selon
l'accord, considéré par l'Administration fiscale cantonale comme un "bénéfice
minimum". Elle avait (pour ainsi dire à bien plaire) accepté ce procédé, même
s'il ne ressortait pas de ladite convention qu'il s'agissait d'un bénéfice
minimum.
Dans un courrier du 29 février 2008, l'Administration fiscale cantonale a
relevé ce qui suit à propos de l'accord en question:
"1. Bénéfice minimum imposable
La SI de la Fondation X.________ [...] a été mise au bénéfice d'un accord
d'imposition en date du 1er octobre 2001 qui fixe forfaitairement son bénéfice
imposable à concurrence de 3% du 20% de la valeur comptable de l'immeuble après
amortissement.
Fondamentalement, les accords d'imposition fixant forfaitairement un bénéfice
imposable s'inscrivent strictement dans une logique de fixation d'un prix de
transfert qui est réputé être conforme au principe de pleine concurrence
("dealing at arm's length").
Dès lors que le bénéfice comptable résultant des états financiers statutaires
[...] est supérieur au montant du prix de transfert déterminé de manière
forfaitaire, c'est le bénéfice comptable supérieur qui doit être retenu comme
base d'imposition.
Il serait en effet choquant qu'une quelconque économie d'impôts puisse résulter
d'une situation visant à admettre que le bénéfice imposable soit inférieur au
bénéfice comptable, dans la mesure où, parallèlement, la société affiliée qui a
supporté le coût effectif de la prestation a normalement pu se prévaloir d'une
charge justifiée par l'usage commercial qui est pleinement déductible sur le
plan fiscal.
Dans le sens de ce qui précède, c'est bien le résultat comptable, supérieur au
bénéfice fiscal résultant de l'application d'un prix de transfert déterminé de
manière forfaitaire, qui doit être retenu".
Par décisions du 23 juin 2008, concernant l'une l'IFD et l'autre les ICC,
l'Administration fiscale cantonale a rejeté les réclamations et réformé la
taxation au détriment de la société, les intérêts repris étant portés à 163'987
fr. Elle a admis un taux de 2,875% (au lieu de 3,375%) sur les deux tiers du
montant de 12'954'454 fr. et de 3,875% (au lieu de 4,375%) sur le solde de la
dette. Les intérêts totaux admissibles se montaient ainsi à 250'693 fr., de
sorte qu'un montant de 163'987 fr. devait être repris (= 414'680 ./. 250'693).
La société a déféré ces prononcés à la Commission cantonale de recours en
matière d'IFD et à la Commission cantonale de recours en matière d'ICC du
canton de Genève (intégrées par la suite dans la Commission cantonale de
recours en matière administrative, dont les compétences ont été reprises par le
Tribunal administratif de première instance du canton de Genève).
Par jugement du 14 juin 2011, le Tribunal administratif de première instance a
joint les procédures et admis les recours. Les dossiers étaient renvoyés à
l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à une nouvelle taxation
basée sur le bénéfice imposable déclaré par la société de 56'187 fr. Le
Tribunal administratif de première instance a considéré que l'endettement de la
société ne posait pas problème - celle-ci n'étant pas sous-capitalisée -, mais
bien le taux d'intérêt de 4,75% sur la dette de la société à l'égard de la
fondation - comme entité proche -, lequel n'était pas conforme au marché. En
considérant comme admissible un taux de 2,875%, un montant de 163'689 fr. (soit
4,75 - 2,875% = 1,875% de 8'730'101 fr.) - au lieu de la somme de 163'987 fr.
retenue dans les décisions sur réclamation - devait en soi être repris.
Toutefois, la détermination du bénéfice net de la société, après déduction de
toutes les charges, y compris celles des intérêts de la dette, avait fait
l'objet de l'accord du 1er octobre 2001. Cette convention avait pour but de
déterminer le bénéfice de la société compte tenu en particulier des loyers
tirés de la location des locaux aménagés pour accueillir l'école exploitée par
la fondation. Comme il existait peu de loyers de comparaison sur le marché
immobilier et que les règles servant à l'évaluation des surfaces commerciales
ne pouvaient être appliquées, l'Administration fiscale cantonale était fondée à
conclure l'accord en question. En application de celui-ci, le bénéfice
imposable de la société correspondait à 3% de 20% de la valeur comptable après
amortissement des immeubles de cette dernière, soit au montant de 56'187 fr.
ressortant des comptes et de la déclaration d'impôt.
A l'encontre de ce prononcé, l'Administration fiscale cantonale a interjeté un
recours que la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève
a admis par arrêt du 8 juin 2012. Les juges cantonaux ont considéré que
l'accord du 1er octobre 2001 était invalide, car il ne satisfaisait pas aux
exigences auxquelles était soumise la conclusion de telles conventions. En
effet, ni la détermination de la valeur du bâtiment, même utilisé par une
école, ni celle du bénéfice de la société ne posait de problème majeur. Selon
la Cour de justice, il était ainsi "regrettable" que l'Administration fiscale
cantonale signe de tels accords. La société ne pouvait d'ailleurs se prévaloir
de cette convention au titre du droit à la protection de la confiance légitime
en les assurances reçues des autorités, car les conditions restrictives dont la
jurisprudence fait dépendre ce droit n'étaient pas réunies en l'occurrence. Le
montant de la reprise de 163'689 fr. calculé par le Tribunal administratif de
première instance n'étant en lui-même pas contesté par les participants à la
procédure, le dossier devait être retourné à l'Administration fiscale cantonale
pour qu'elle procède à une nouvelle taxation sur la base de cette somme.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société demande
au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 8 mai
2012 et de renvoyer la cause à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle
taxation basée sur le bénéfice imposable déclaré de 56'187 fr. Elle dénonce une
violation des principes de la légalité et de la protection de la bonne foi.
L'autorité précédente s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours
et persiste au surplus dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
L'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt
fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, propose de rejeter
le recours. L'Administration fiscale cantonale s'en remet à justice pour ce qui
est de la recevabilité du recours et conclut à son rejet sur le fond.
La société a répliqué dans une écriture datée du 15 octobre 2012.
Considérant en droit:
1.
La Cour de justice a rendu une seule décision valant pour les deux catégories
d'impôts (ICC et IFD), ce qui est admissible, dès lors que la question
juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le
droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces
circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir, dans son recours
au Tribunal fédéral, formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour
les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par
souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions
sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un
concernant l'IFD (2C_604/2012) et l'autre les ICC (2C_603/2012). Comme l'état
de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux
causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art.
71 LTF et 24 PCF [RS 273]).
2.
2.1 L'arrêt attaqué concerne le bénéfice imposable de la période fiscale 2006.
Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à
l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est
ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi fédérale du
14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste
l'existence de cette voie de droit pour l'IFD. S'agissant des ICC, l'imposition
du bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss de la loi fédérale du
14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des
communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est
aussi réservée par l'art. 73 al. 1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).
2.2 Pour le reste, déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours
est dirigé contre une décision considérée comme finale (cf. art. 90 LTF et ATF
138 I 143 consid. 1.2 p. 148; 134 II 124 consid. 1.3 p. 127) rendue par un
tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (cf. art. 86 al. 1
let. d et al. 2 LTF). Il a en outre été interjeté par la contribuable
destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à
son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc en
principe d'entrer en matière.
3.
3.1 Un accord ou un arrangement fiscal (Steuerabkommen, Steuerabmachung) est
une convention entre l'autorité fiscale compétente et le contribuable, qui
porte sur l'existence, l'étendue ou les modalités d'une obligation fiscale dans
une situation concrète et qui s'écarte des dispositions légales (arrêt 2C_296/
2009 du 11 février 2010 consid. 3.1, in RF 65/2010 p. 453, StE 2010 A 21.14 no
18 et la jurisprudence citée; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen
Steuerrechts, 6e éd., 2002, p. 320; Martin Zweifel/Hugo Casanova,
Schweizerisches Steuerverfahrensrecht Direkte Steuern, 2008, § 1 no 6; Xavier
Oberson, Droit fiscal suisse, 4e éd., 2012, § 25 no 33; Markus Reich,
Steuerrecht, 2e éd., 2012, § 4 no 33). Il est largement admis qu'une telle
convention constitue un contrat de droit administratif (Blumenstein/Locher, op.
cit., p. 321; Oberson, op. cit., § 25 no 34; Reich, op. cit., § 4 no 33).
Eu égard aux principes de la légalité et de l'égalité, un accord fiscal doit
être autorisé par la loi ou, du moins, ne pas être expressément exclu par
celle-ci. Les conventions sans base légale, voire contraires à la loi, sont
nulles et ne sauraient par conséquent avoir d'effet contraignant. La
jurisprudence et la doctrine ne font exception à ce principe que si la règle
applicable est incertaine et que l'autorité procède selon celle que le
législateur aurait adoptée s'il avait voulu réglementer le cas particulier
(arrêts 2A.306/1993 du 23 juin 1994 consid. 5a, in Archives 63 p. 661, JdT 1997
II 90; 2A.227/2006 du 10 octobre 2006 consid. 3.1, in Archives 76 p. 748, RDAF
2006 II p. 419, SJ 2007 I p. 224, Pra 2007 no 30 p. 183; 2C_164/2009 du 13 août
2009 consid. 8.1, in RDAF 2009 II p. 531; Danielle Yersin, in Commentaire
romand, Impôt fédéral direct, 2008, Remarques préliminaires, nos 88 s.).
Lorsque l'accord est nul, il n'est pas exclu que le contribuable puisse
invoquer sa bonne foi, afin d'être (néanmoins) traité conformément aux
dispositions de la convention. Il faut pour cela que les conditions auxquelles
le principe de la bonne foi (art. 9 Cst.) protège le citoyen dans la confiance
légitime qu'il a mise dans les assurances reçues des autorités soient réunies
(arrêts précités 2C_164/2009 consid. 8.3; 2A.227/2006 consid. 3.3; arrêt 2A.53/
1998 du 12 novembre 1998 consid. 8b, in RDAF 1999 II p. 97, RF 54/1999 p. 118,
Pra 1999 no 108 p. 587).
Selon la jurisprudence plus ancienne, les vices - en particulier l'absence de
base légale - affectant un contrat de droit administratif n'entraînaient pas
sans autres considérations la nullité de la convention. Les conséquences du
vice dépendaient d'une pesée d'intérêts, entre l'intérêt (public) à
l'application du droit positif et l'intérêt (privé) à la protection de la bonne
foi du contribuable (ATF 103 Ia 505 consid. 4 p. 514 s.; arrêt A.454/1987 du 25
août 1988 consid. 2d, in Archives 58 p. 210, RDAF 1991 p. 12, RF 44/1989 p.
432, StE 1989 A 21.14 no 9; dans le même sens Oberson, op. cit., § 25 no 38).
Pour ce qui est des conventions accordant des avantages fiscaux, il était
toutefois admis que l'intérêt à l'application du droit positif l'emportait
généralement (ATF 103 Ia 505 consid. 4c p. 515 [où il ne s'agissait cependant
pas d'une telle convention et où l'intérêt du contribuable à la protection de
la bonne foi a été jugé prépondérant]; arrêt A.454/1987, précité, consid. 2e).
En l'absence de base légale dans la LIFD, des accords ne peuvent en principe
être conclus en matière d'IFD (arrêts précités 2C_296/2009 consid. 3.1; 2A.227/
2006 consid. 3.1; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 321; Yersin, op. cit.,
Remarques préliminaires, no 89). Pour ce qui est des ICC, les accords fiscaux
sont de manière générale prohibés par le concordat intercantonal sur
l'interdiction des arrangements fiscaux du 10 décembre 1948 (s'agissant du
canton de Genève, cf. RS/GE D 3 60; ci-après: le concordat), auquel tous les
cantons ont adhéré. Le concordat permet toutefois d'accorder certains
allégements fiscaux (imposition d'après la dépense des personnes physiques,
allégements en faveur d'entreprises industrielles nouvellement créées, ainsi
que d'entreprises au capital desquelles une corporation de droit public
participe ou qui sont affectées principalement à un but public ou d'utilité
générale, cf. art. 1 al. 3 du concordat). Prévus par la législation, de tels
régimes spéciaux ne constituent pas des accords fiscaux à proprement parler
(Yersin, op. cit., Remarques préliminaires, no 90). Depuis l'entrée en vigueur
de la LHID, le concordat a perdu une grande partie de son importance, du moment
que nombre des limitations qu'il prévoit sont également réglementées par cette
loi fédérale (cf. not. art. 5, 6 et 23 al. 3 LHID) qui l'emporte sur les
dispositions du droit intercantonal (Oberson, op. cit., § 3 no 67; Reich, op.
cit., § 4 no 36).
3.2 L'accord fiscal au sens ci-dessus doit être distingué de l'accord de
procédure (Verständigung, Einigung), que l'autorité fiscale et le contribuable
concluent durant la phase de la taxation, sans déroger à la loi, en vue de
fixer des éléments de fait déterminants, dont l'établissement est difficile ou
exigerait des mesures disproportionnées. Tel est le cas notamment lorsqu'il
s'agit d'établir la valeur d'un immeuble et que la détermination ou
l'estimation de celle-ci se heurte à d'importantes difficultés. Conforme au
droit matériel, un accord de ce genre ne nécessite pas de base légale (ATF 119
Ib 431 consid. 4 p. 437 s.; arrêt 2C_296/2009, précité, consid. 3.1 et 3.2 et
la jurisprudence citée; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 320; Zweifel/Casanova,
op. cit., § 1 no 7; Oberson, op. cit., § 25 no 33).
4.
Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité
étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance
légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé
sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement
déterminé de l'administration. Selon la jurisprudence, un renseignement ou une
décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un
administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition
que (a) le renseignement ait été donné sans réserve, (b) que l'autorité soit
intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (c)
qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et
(d) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de
l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore que celui-ci se soit
fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour (e) prendre
des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, (f)
que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été
donnée et que (g) l'intérêt à l'application du droit positif ne l'emporte pas
sur la protection de la confiance (ATF 137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193 et les
références citées).
Le principe de la bonne foi régit aussi les rapports entre les autorités
fiscales et les contribuables. Le droit fiscal est toutefois dominé par le
principe de la légalité, de telle sorte que le principe de la bonne foi ne
saurait avoir qu'une influence limitée, surtout s'il vient à entrer en conflit
avec le principe de la légalité (cf. art. 5 et 9 Cst.; ATF 131 II 627 consid.
6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p. 316; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 28).
Ainsi, le contribuable ne peut bénéficier d'un traitement dérogeant à la loi
que si les conditions mentionnées ci-dessus - qui doivent être interprétées de
manière stricte - sont remplies de manière claire et sans équivoque (arrêt
2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3 et la jurisprudence citée).
I. Impôt fédéral direct
5.
5.1 Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le
bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend
notamment le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les
prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du
compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par
l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces prélèvements figurent les
distributions dissimulées de bénéfice (let. b 5e tiret).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice, lorsqu'une
personne morale fait à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant
de près, sans contre-prestation équivalente, une prestation appréciable en
argent, qu'elle n'aurait pas consentie à des tiers dans les mêmes circonstances
(ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607). Encore faut-il que les organes de la
société aient pu reconnaître le caractère insolite de cette prestation (ATF 119
Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêt 2C_421/2009 du 11 janvier 2010 consid. 3.1 et
la jurisprudence citée).
5.2 Jusqu'en 2004, les sociétés de services, définies comme des "sociétés de
capitaux chargées de surveiller du point de vue technique ou économique les
affaires d'une entreprise", étaient soumises à un régime spécial. Dans une
lettre-circulaire du 17 septembre 1997 (pub. in Archives 66 p. 300 s.),
considérant que la libre formation des prix sur le marché est entravée lorsque
ces sociétés fournissent leurs prestations à des entreprises auxquelles elles
sont liées, l'Administration fédérale des contributions avait en effet maintenu
la pratique établie par des circulaires antérieures (datant de 1959 et 1960),
selon laquelle les sociétés en question "doivent être imposées au moins sur le
rendement net qu'une société indépendante retirerait, dans des circonstances
analogues, des mêmes prestations de services". Ces sociétés étaient dès lors
imposées sur une marge bénéficiaire considérée comme un bénéfice minimal (cf.
Peter Brülisauer/Flurin Poltera, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I
/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2e éd., 2008, no 105 ad
art. 58 LIFD), qui était calculée d'après la méthode dite du prix de revient
majoré ("cost plus") et qui équivalait, selon la circulaire en question, à 5%
du total des prix de revient ou 1/12 du total des salaires. Si la comparaison
avec des tiers faisait apparaître des taux plus élevés, ces derniers étaient
déterminants et devaient être appliqués.
Ce régime particulier devait permettre d'estimer, en l'absence de transactions
comparables entre des personnes indépendantes (les sociétés en question
fournissant leurs prestations principalement à des personnes proches à
l'étranger), le bénéfice qui aurait été réalisé sur un marché de pleine
concurrence (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2e éd., 2009,
nos 60 s. ad art. 58 LIFD). Il était considéré comme une précision et une
mesure de simplification de la loi (Yersin, op. cit., Remarques préliminaires,
no 109; Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, op., cit.,
no 113 ad art. 57-58 LIFD). Il a entre-temps été abandonné (sous réserve de cas
exceptionnels), une nouvelle circulaire du 19 mars 2004 (pub. in Archives 72 p.
708) prévoyant, en se référant aux directives de l'OCDE en matière de prix de
transfert, que la marge bénéficiaire imposable des sociétés de services doit
être déterminée conformément au principe de pleine concurrence, sur la base de
prestations comparables entre tiers.
Une autre mesure de simplification était la pratique 50/50, applicable aux
sociétés de domicile et de facturation, selon laquelle, jusqu'à concurrence de
50% du bénéfice brut de la société, la justification commerciale des charges
payées à des personnes proches à l'étranger était admise sans autres preuves
(cf. circulaire no 9 de l'Administration fédérale des contributions du 19
décembre 2001, pub. in Archives 70 p. 520 ss; ATF 119 Ib 431 consid. 4 p. 437;
Stephan Kuhn/ Peter Brülisauer, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/
1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und
Gemeinden, 2e éd., 2002, no 72 ad art. 24 LHID; Yersin, op. cit., Remarques
préliminaires, no 109; Danon, op. cit., no 113 ad art. 57-58 LIFD).
Dans l'affaire publiée aux ATF 119 Ib 431, l'Administration fédérale des
contributions avait procédé à la taxation de l'impôt anticipé dû par une
société en appliquant la pratique 50/50. Elle avait précisé que cette taxation
était faite à bien plaire en vue d'un règlement à l'amiable et que cette
proposition ne l'engageait qu'à la condition qu'elle soit acceptée par la
société contribuable. Le Tribunal fédéral a considéré qu'il s'agissait là d'une
offre de conclure un accord de procédure en vue d'estimer les éléments
imposables, offre que la société avait déclinée en formant une opposition où
elle contestait le principe même de l'imposition. Dans ces conditions, la
pratique 50/50 n'était plus applicable en l'espèce (consid. 4 p. 437 s.; cf.
aussi arrêt 2A.12/1994 du 7 novembre 1995 consid. 5, in Archives 65 p. 397,
RDAF 1997 II p. 516; Kuhn/Brülisauer, op. cit., no 73 ad art. 24 LHID).
La Suisse a renoncé à la pratique 50/50 dans le cadre des discussions menées
entre les pays membres de l'OCDE sur la concurrence fiscale dommageable (Danon,
op. cit., no 113 ad art. 57-58 LIFD). Désormais, les règles ordinaires sur la
justification commerciale des charges comptabilisées sont applicables (cf.
circulaire no 9 de l'Administration fédérale des contributions du 22 juin 2005,
pub. in Archives 74 p. 205).
6.
6.1 La recourante fait valoir, à l'instar du Tribunal administratif de première
instance, que, s'agissant des locaux abritant l'école exploitée par la
fondation, l'estimation d'un loyer justifié par l'usage commercial est
difficile sinon impossible en l'absence de données de comparaison sur le marché
immobilier local. En se prévalant notamment de l'ATF 119 Ib 431, elle prétend
que la convention du 1er octobre 2001 constitue ainsi un accord licite sur des
éléments de fait, qui tend à simplifier l'application des dispositions légales
sur la détermination du bénéfice net. En niant sa validité, l'autorité
précédente aurait violé le principe de la légalité.
Implicitement, la recourante interprète l'accord en ce sens que le bénéfice
imposable est dans tous les cas celui fixé forfaitairement (à 3% des 20% de la
valeur comptable des immeubles), alors que l'Administration fiscale cantonale
(dans sa détermination sur le recours devant le Tribunal de céans, comme déjà
dans son courrier à la recourante du 29 février 2008) considère que le bénéfice
fixé forfaitairement représente un bénéfice imposable minimal, le résultat
comptable effectif devant être imposé s'il est supérieur.
6.2 Le contenu de l'accord du 1er octobre 2001 présente des similitudes avec la
pratique qui consistait à déterminer le bénéfice imposable des sociétés de
services sur la base d'un pourcentage du total des prix de revient ou des
salaires: comme elle, il paraît s'expliquer par l'absence de données de
comparaison permettant de s'assurer de la justification commerciale des
transactions avec des personnes proches; il prévoit un mode de calcul
forfaitaire du bénéfice imposable, censé correspondre à celui qui serait
réalisé entre des personnes indépendantes; ce mode de calcul doit être adapté
lorsque des données de comparaison, devenues disponibles, indiquent que le
bénéfice forfaitaire n'équivaut pas à celui qui serait obtenu dans des
conditions de pleine concurrence (cf. la phrase "[d]ans le cas où cette
solution ferait apparaître dans l'avenir une différence trop importante avec le
bénéfice qui résulterait de l'obligation pour la Fondation Y.________ de
prendre à bail des locaux analogues auprès d'un tiers, votre cliente
reprendrait contact avec les administrations fiscales compétentes [...]" dans
le courrier du 1er octobre 2001).
En l'occurrence, il ne s'agit toutefois pas d'une pratique applicable à toute
une catégorie de contribuables - le cas échéant moyennant l'accord de
l'intéressé en procédure de taxation (cf. ATF 119 Ib 431 et consid. 5.2
ci-dessus) -, mais d'un arrangement réglant les obligations fiscales d'un
contribuable particulier (qui n'a d'ailleurs pas été conclu dans le cadre d'une
procédure de taxation). La conclusion d'un tel accord pose donc problème sous
l'angle du principe d'égalité. En outre, l'arrangement en question n'est
conciliable avec les art. 57 et 58 al. 1 let. b LIFD que s'il est interprété -
comme le préconise l'Administration fiscale cantonale - en ce sens que le
bénéfice fixé forfaitairement (à 3% des 20% de la valeur comptable des
immeubles) représente un bénéfice imposable minimal, le résultat comptable
effectif devant être imposé s'il est supérieur. Quoi qu'il en soit de son
interprétation, au plan de l'IFD, l'accord en question ne saurait produire
d'effets déjà pour le motif qu'il n'a pas été conclu par l'autorité compétente
en la matière, à savoir l'Administration fédérale des contributions et que rien
n'indique non plus que celle-ci ait "ratifié" la convention par la suite (cf.
Yersin, op. cit., no 3 ad art. 2 LIFD, selon qui, pour toutes les opérations et
décisions en matière d'IFD qui touchent la situation juridique des
contribuables, les cantons n'ont pas de réelle marge de manoeuvre, sauf
dispositions légales ou réglementaires contraires).
6.3 La recourante invoque la protection de la bonne foi garantie par l'art. 9
Cst., en faisant valoir qu'en cas d'invalidité de la convention, cette
disposition lui permet d'être (néanmoins) traitée conformément à celle-ci.
Indépendamment de la question de l'interprétation de l'accord, les conditions
posées à la mise en oeuvre de l'art. 9 Cst. (cf. consid. 4 ci-dessus) ne sont
pas réunies, même s'il est vrai que la recourante a bénéficié de plusieurs
régimes spéciaux successifs sur une longue période, ce qui était de nature à
renforcer l'apparence de validité de l'arrangement. En effet, la recourante,
qui était représentée par un mandataire professionnel, ne pouvait de bonne foi
considérer que l'Administration fiscale cantonale était compétente pour
conclure un accord en matière d'IFD (cf. arrêt 2A.53/1998, précité, consid.
8c). Surtout, on ne voit pas quelles dispositions la recourante aurait prises
au vu de l'accord en question, sur lesquelles elle ne saurait revenir sans
subir de préjudice. Celle-ci fait tout au plus valoir qu'elle a "calculé des
intérêts théoriques de 4.75% conformément à la méthode de calcul retenue dans
son statut". Or, cet argument est inopérant déjà pour le motif que le taux en
question n'est pas prévu par l'accord du 1er octobre 2001, mais par la
convention du 30 août 1990.
Ainsi, la recourante ne peut valablement invoquer l'art. 9 Cst. aux fins d'être
traitée conformément à l'accord.
7.
L'autorité précédente a confirmé la reprise de 163'689 fr. - montant ressortant
de l'arrêt du Tribunal administratif de première instance du 14 juin 2011 -,
somme qui venait s'ajouter au bénéfice net comptable de 74'873 fr.
Le Tribunal administratif de première instance a en effet estimé que le taux
d'intérêt de 4,75% sur la dette de la recourante à l'égard de la fondation -
comme entité proche - n'était pas conforme au marché. Il a retenu un taux
admissible de 2,875% représentant la moyenne de 3% (= taux maximal applicable à
un crédit immobilier égal à la première hypothèque, soit jusqu'à concurrence
des 2/3 de la valeur vénale de l'immeuble, dans la branche de la construction
de logements, selon la lettre-circulaire de l'Administration fédérale des
contributions du 26 janvier 2005, intitulée "Taux d'intérêt 2005 déterminants
pour le calcul des prestations appréciables en argent") et de 2,75% (= taux
correspondant selon la lettre-circulaire du 26 janvier 2006 valant pour l'année
2006), compte tenu du fait que l'exercice commercial en cause, allant du 1er
juillet 2005 au 30 juin 2006, est à cheval sur les deux années civiles. La
différence entre ce taux moyen et celui de 4,75% appliqué par la recourante
donne, en relation avec le montant de la dette de 8'730'101 fr., la somme de
163'689 fr.
On ne voit pas en quoi cette façon de procéder serait contraire aux règles du
droit fédéral sur les prestations appréciables en argent. La recourante, à qui
il incombe d'établir que la prestation constitue une charge justifiée par
l'usage commercial - et non une distribution dissimulée de bénéfice - (cf.
arrêt 2C_386/2012 du 16 novembre 2012 consid. 5 et la jurisprudence citée),
n'évoque d'ailleurs pas une telle violation. Dans ces conditions, rien ne
s'oppose à ce que la décision attaquée soit confirmée pour ce qui est de l'IFD.
II. Impôts cantonal et communal
8.
Les art. 11 et 12 let. a de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur
l'imposition des personnes morales (LIPM; RS/GE D 3 15) correspondent à l'art.
24 al. 1 LHID et aux art. 57 et 58 al. 1 let. a LIFD. Selon l'art. 24 al. 1
let. a LHID, le bénéfice net imposable comprend les charges non justifiées par
l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats. Au nombre de
celles-ci figurent les distributions dissimulées de bénéfice (cf. aussi art. 12
let. h LIPM). De manière générale, les pratiques cantonales relatives à cette
dernière notion correspondent largement à la jurisprudence fédérale (Kuhn/
Brülisauer, op. cit., no 76 ad art. 24 LHID). Tel est le cas en l'espèce, où
l'autorité précédente s'est référée à la jurisprudence du Tribunal de céans.
L'accord du 1er octobre 2001 n'est conciliable avec les dispositions précitées
que s'il est interprété en ce sens que le bénéfice fixé forfaitairement
représente un minimum imposable, le solde du compte de résultats devant être
imposé s'il est supérieur. Si l'on suit au contraire l'interprétation
préconisée par la recourante, selon laquelle le bénéfice imposable est dans
tous les cas celui fixé forfaitairement, la convention déroge à ces
dispositions et nécessite ainsi une base légale. L'exigence de base légale vaut
d'ailleurs, quelle que soit l'interprétation faite de la convention, au regard
du principe d'égalité (cf. consid. 6.2 ci-dessus). La conclusion d'un tel
accord n'étant pas autorisée par la LHID, celui-ci est privé d'effets également
en matière d'ICC. Par ailleurs, la recourante ne peut, pas plus que pour l'IFD,
se prévaloir de l'art. 9 Cst. afin d'obtenir d'être tout de même traitée
conformément à la convention.
Quant à la détermination par l'autorité précédente du bénéfice imposable de la
recourante, compte tenu d'une reprise de 163'689 fr., il n'apparaît pas qu'elle
serait contraire à la LHID. La recourante, à nouveau, ne fait rien valoir de
tel. La décision entreprise peut ainsi être confirmée aussi en ce qui concerne
les ICC.
9.
Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté tant s'agissant de l'IFD que des
ICC.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (cf. art. 66
al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (cf. art. 68 al. 3 LTF).
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 2C_603/2012 et 2C_604/2012 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt fédéral direct (cause 2C_604/
2012).
3.
Le recours est rejeté en ce qui concerne les impôts cantonal et communal (cause
2C_603/2012).
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la
recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à
l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice du canton de
Genève, Chambre administrative 1ère section, et à l'Administration fédérale des
contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt
anticipé, des droits de timbre.
Lausanne, le 10 décembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Vianin